先に進めなくなったのはこの部分です。

「ビルドしてインストールする（ここでは必要なバイナリのみをインストールするのでmake installはしない）。」

$ cd /usr/src/pam_keyring-0.0.9
$ sudo ./configure --prefix=/usr
$ sudo make
$ sudo cp src/pam-keyring-tool /usr/bin/

一番下の　$ sudo cp src/pam-keyring-tool /usr/bin/　　を実行しようとすると、「そのようなディレクトリは存在しない」旨の表示が出ます。

どうしてもnetwork-managerを使うですか？wicdの方がずっといいのに。
wicdを薦めします。

Z80B による投稿:

$ sudo make

この部分は例示がよくないなぁと思います。
ホームディレクトリ配下ではsudo必要ないですから。

それはサテオキ、

Z80B による投稿:

一番下の　$ sudo cp src/pam-keyring-tool /usr/bin/　　を実行しようとすると、「そのようなディレクトリは存在しない」旨の表示が出ます。

makeが修了した後に、
ls -l src/pam-keyring-tool
とかして適切に pam-keyring-tool という実行コマンドができているか確認してみてください。
/usr/bin が無いということは通常ありえないので、「No such file or directory」な状態はどちらかというと pam-keyring-tool 側の問題のような気がします。

pam-keyring-tool が無いなどであれば、./configure や make 時にエラーが出ていると思いますので、その辺が判断できれば良いのですが...。

# なおwicdのほうがパッケージを入れるだけな気もするので楽かもしれません。

私も configure や make に sudo が憑いているのを見るのは，（憑く：誤変換に非ず)
「解決策を知っていても一旦は保留」してしまう程「大反対」いやむしろ「大嫌い」なので，質問の流れを傍観していました．
wicd を使うことに心を決められたためか，n_saito さんの質問に答えていらっしゃらないみたいですので，ちょっと一言...

実は #3 の投稿の直後に，もちろん sudo 無で試した結果，make の段階でビルドディレクトリに libtool が存在しないとのエラーになりました．
解決策は configure の前に autogen.sh しておくことでしたが INSTALL にその旨は何も書いていませんでした．
ソースファイルの日付が 2007/6/14 ですし，もしかするともうメンテされていないのかも．

「初心者サポート」では無いのでちょっと厳しく言わせてもらえば，

Z80Bさん による投稿:

$ cd /usr/src/pam_keyring-0.0.9
$ sudo ./configure --prefix=/usr
$ sudo make
$ sudo cp src/pam-keyring-tool /usr/bin/

一番下の　$ sudo cp src/pam-keyring-tool /usr/bin/　　を実行しようとすると、「そのようなディレクトリは存在しない」旨の表示が出ます。

の情報だけでは「回答者に同じことを試すことを要求している」ようなものです．私も自分の環境では使わないであろう -dev パッケージをインストールするハメになりました．
次にソースから何かを make でビルドする必要が起こった時のための教訓にして下さい．