私も同様な症状ですが、PCの性能が性能なのでBerylがスムーズに
動いているだけで凄いという結論で自己解決しています。
PCのスペックに大きく左右される内容だと思いますので、
お使いのPCの型番、特にグラフィック性能に関わる仕様などを書き添える必要があると思います。

ハードウェアにはあまり詳しくないので，よくわかりませんが，DELLのDemension 2400を使っています．
以下のサイトにdemension 2400について載っているようなので挙げておきます．
http://www.painfo.net/PASOCON/dell/dell.htm

約１週間ほど、Ubuntu＋Berylのインストールに頭を悩ませ、やっとBerylを動かすことができ喜んでいたのですが,arakawaさんのレスと同じ状況で困っております。
グラフィックボードはATIのRadeon 9550を挿してまして、AIGLX＋Berylという環境なのですが、Beryl上で動画を再生すると動画の画面が黒くなってしまいます。ウインドウを動かしたりすると一瞬写るのですが、またすぐに黒くなるという状態です。
ウインドウマネージャをGnome（標準のもの）にするときちんと動画が再生されます。

いまは動画を見るときだけはウインドウマネージャを切り替えてみてますが、折角ですのでBeryl上で再生出来ないかと思いここに書き込みした次第です。Linuxはこれが初めてでネットで調べながらやっとインストール＆設定できた素人ですが、解決の糸口が見つかればと思ってます。