100%同じ環境でなければダメということであれば後者を選択されたほうが良いでしょう。
このあたりは「決め」の問題でしかないので、「単なるバックアップ」という場合であればmondoとかを使わなくても良いと考える方法もあります。

私なんかは適当な履歴だけは欲しかったのでrdiff-backupを使ってetc, var, home の一部を除いて複数箇所にオンラインバックアップしてます。

# ファイル間違って消したら困る場合もあるし、マシンの移行なんかを考えるとそっちのほうが楽という考え方でもあります。