皆さん本当にありがとうございました！
Vistaが復活しました！
Ubuntuは起動できなくなりましたが・・・
以下の方法で復活しました。

Ubuntuの入ったUSB-HDDを接続した状態でパソコンを起動
F1とF2を同時押ししてブートメニューを開く
しばらく待って、USB-HDDが読み込めるようになるまで待機
HDDから起動を選択
ESCを押す
UbuntuかVistaの起動選択でVistaを選択
F8を連打
コマンドプロンプトを起動
bootrec /Fixmbrと打つ

これで治りました。
皆さん本当にありがとうございました！

lightさんお疲れ様でした。
解決手順のレポートもありがとう御座いました。

ただ、HDDリカバリの様なので、OSがおかしくなったときや、HDDが故障したときのために、「工場出荷時に戻す手順が実行できること」は確認された方がよろしいかと思います。
それらが問題なければ完了ですし、それが難しいようなら何か考えておかないといけないかと。