直感ですが、アンインストールができていないというよりは、ホーム以下の設定ファイルに書き込まれた内容が残っているとか、そういう理由ではないかなぁ、と思います。
が、~/.conigあたりを探して見ましたが、それっぽいものは見つかりませんでした。

暫定策としては、「システム」->「設定」->「メインメニュー」で不要な項目を非表示にすることはできます。
推測どおり、ホームにある設定であれば、削除もできるはずです。
ちゃんとalacarte(上記「メインメニュー」の実体)のソースを追えば、どこに設定ファイルがあるか判るはずなのですが。。

当たり -> 辺り
ついでに ~/.local/share/desktop-directories/*.directory は階層メニューに関連がある様です．
wine にインストールしたアプリケーションの(アンインストールで消えなかった)メニューはこれらのディレクトリから該当ファイルを削除したら消えました．

皆さま有難うございました。
とりあえず試してみます。報告は遅れるかもしれませんが、ご容赦を！