メニューのOptions→Configure Texmakerを選択し、Editorの部分で、

Editor Font Family：VLゴシック
Editor Font Size：10
Editor Font Encoding：EUC-JP

に設定して、Texmakerを再起動してみて下さい。

なお、Commandsの部分で、「latex」コマンドを「platex」に、「dvipdfm」
コマンドを「dvipdfmx」に変更しないとコンパイルが通りません。

そのエラーはAdobe Readerに関係するものなのでTexmakerの入力関係に直接関係しているわけではなさそうですが…。

家ではうまくいったんですが、何が原因でしょう？
ちなみに、端末で下記のコマンドで実行するとどうですか？

$ GTK_IM_MODULE="scim"
$ texmaker

メニューのOptions→Change Interface Fontを選択して、
Font Familyで「VLゴシック」にしたらどうですか？

これ、設定していたのを忘れていたかも知れません。

家もGNOME環境ですよ。ちなみに、9.04は日本語Remix版ですか？
また、TeXは日本語セットアップヘルパーから入れてます？

何か環境変数が違うとかその辺が原因かも知れません。

先ほど問題解決しました。問題はやはりSCIMにあったようです。~/.xinput.d/jp_JpにSCIM
の設定項目があるのですが私の場合この中が

#
# This configuration provides setting not to use any IM (keep as this is)
# See im-switch(8) and /usr/share/doc/im-switch/README.Debian .
#
XIM=
XIM_PROGRAM=
XIM_ARGS=
XIM_PROGRAM_XTRA=

#
# Define GTK and QT IM module
#   They may or may not be using xim as the IM.
#
GTK_IM_MODULE=
QT_IM_MODULE=

# Make sure to set as -z
XMODIFIERS=

#
# Define lists of packages neded for above IM to function
#
DEPENDS=

#
# Define X start up hook script to update IM environment
#

のように記述されてました。インターネットで日本語入力を調べていたところ
Open Officeで同じようなことで悩んでいる方がいました。その方の解決法に
したがってjp_JPを書き換えrebootしたところ日本語入力できるようになりま
した。詳しくはにかいてあります。要するにGTK_IM_MODULE=scim-bridge
にする必要があるということでしょうか・・・とりあえず、googleearthも
texmakerも使えるようになりました。

http://longrange.cocolog-nifty.com/blog/2008/07/openoffice_1da2.html

アップグレードが原因かもしれませんね。ありがとうございました。