済みません、ちょっと良く分かっていないのですが、firefox の検索とは右上部にある google 等の検索窓のことですか？
でしたら、私のところでは全く問題なく機能してますが？
ｖｅｒＵＰ とかの話も良く分からないのですが･･･。
ubuntu のバージョンや firefox のバージョン等、環境を色々書かれた方が良いと思いますが。

検索のＪＡ仕様、がはっきりしませんが

少なくとも
http://www.ubuntulinux.jp/products/JA-Localized/download
から手に入るCDイメージをCD-Rに焼いた後、CD起動した場合のFirefoxは日本語話者向けになっているように思います。

もしかしてFirefoxをMozillaのサイトからダウンロードし、そこに日本語パッケージを入れて使おうとしていますでしょうか？

Ubuntuでは(他のソフト含め)Firefoxの関連ファイルは全てパッケージ管理システムAPTの管轄内にあり、
Firefoxの各ファイルのインストール先や細部の設定がUbuntuのシステムに合うよう改変されたものが使われていて、
本家MozillaサイトからFirefoxをダウンロードして使う事は推奨されていません。
※もちろん使うことは自由ですがその際何か問題が出たときに文句を言う先はUbuntuコミュニティ内にありません。

私自身は本家MozillaサイトからFirefoxを入れたことがないので、その際どのような問題が起きるかはわかりませんが
このような事態が発生する可能性はあります。

・原則FirefoxのアップデートはUbuntuのアップデートマネージャが促すのでそれを使う。
・Firefoxにセキュリティアップデートがかかった際は、(経験上ですが)おおむね24時間以内にアップデートマネージャに現れるのでそれでアップデートを行う。その間は我慢。
・3.0 ＞ 3.5 のようなメジャーバージョンアップは同一Ubuntuバージョン内では基本的に発生せず、次のバージョンへUbuntu全体を上げられるようになるまで待つ。
・本家MozillaサイトからFirefox本体と日本語用ファイルをダウンロードして使う方法は推奨されておらず、行った場合何が起こるかわからないのと、OS全体の整合性やUbuntuを次のバージョンへアップグレードできるかなどは保障されない。
・Firefoxに限らず、アプリ自身が持っている新しいバージョンのチェック機構は使わないし使用を推奨されない。

というところです。

avidya による投稿:

Jaunty でのデフォルト検索エンジンは、本家英語版と同じもののようです。

そうだったんですね、lavさん大変申し訳ございません。検索エンジンのJA仕様というのを把握しておりませんでした。

lavさん による投稿:

ｖｅｒナンバーから考えると、ｍｏｚｉｌａ　ｊａｐａｎのサイトからd/lして、Ubuntu本体の「アップデートマネージャー」によるｆｉｒｅｆｏｘをいじらなければイイみたいですね、ｍｏｚｉｌａ　ｊａｐａｎのサイト→日本仕様ということですね、問題にならないのも納得できました

　あぁ、誤解されているかもです。
　本家の Firefox、Ubuntu のリポジトリに関係なく、プロファイルはプロファイル・マネージャで変更しないかぎり、~/.mozilla ディレクトリ内に存在します。
　このプロファイルが壊れでもしないかぎり、通常の手順で拡張、テーマ、検索エンジンをインストールしたのならば、特にアナウンスがないかぎり、それらは将来にわたって受け継がれます。
　ですから Ubuntu リポジトリの Firefox であっても、通常の手順でインストールした拡張、テーマ、検索エンジンであれば、Firefox のバージョンアップで消えることはありません。

orz

- 本家の Firefox、Ubuntu のリポジトリに関係なく、
+ 本家の Firefox、Ubuntu のリポジトリに存在する Firefox に関係なく、

了解しました
＞Ubuntu 上で本家 Firefox を利用することは推奨されません
「推奨されない」ということなら、単なるＯＳにすぎないＵＢＵＮＴＵなのに、それなら何故「ｕｐｄａｔｅ」のリポジトリに入れるんでしょうか
片手落ちじゃなくてｆｉｒｅｆｏｘに関して言えば「余計なお世話」みたいです、ｆｉｒｅｆｏｘその他も含め使用者の判断にまかせれば良い気もしますが。。。
ＩＥとは全く異なる環境だと思いますが、ＩＥの「ＪＡ仕様、ｖｅｒｕｐ」とは（ｗｉｎでのＩＥ使用）とてつもない違和感（拒否感）を感じます
（個人的にはＵＢＵＮＴＵに期待してます）
有難うございました。

＞Ubuntu 上で本家 Firefox を利用することは推奨されません
「推奨されない」ということなら、単なるＯＳにすぎないＵＢＵＮＴＵなのに、それなら何故「ｕｐｄａｔｅ」のリポジトリに入れるんでしょうか
片手落ちじゃなくてｆｉｒｅｆｏｘに関して言えば「余計なお世話」みたいです、ｆｉｒｅｆｏｘその他も含め使用者の判断にまかせれば良い気もしますが。。。

誤解があるようなのですが、ここで「本家Firefox」と表現されているものはfirefoxのサイトからダウンロードしてくるバイナリパッケージであったり、ソースパッケージからビルドされたものであると思います。
Ubuntuに標準でインストールされるものはUbuntuのパッケージメンテナさんが(場合によってはソースに手を加えたり、ビルドオプションを指定したりして)Ubuntu用にパッケージ化したものです。
Ubuntuのパッケージシステムで管理されている場合、firefoxにセキュリティホールが見つかった場合などに自動更新を実行することでバグフィックスされたものに入れ替えられます。パッケージシステムを使わず、手動でインストールした場合、更新のインストールなどはユーザが手動で実行しなくてはならなくなります。
他に問題点としては、Ubuntuのパッケージシステムでインストールしたfirefoxに上書きで本家firefoxをインストールするとファイル情報の不整合を起こすとか、firefoxを必要とする他のパッケージの管理情報がおかしくなるなどがあるかと思います。

最初のご質問の件については、システムの共通領域にファイルを置くのではなく、firefoxのインターフェースを利用して必要なadd-onをインストールすれば、ユーザプロファイルに保存されるはずなので、firefoxをアップデートしても影響されなくなるのではないかと考えます(ただし新しい版のfirefoxとadd-onに互換性が無い場合、add-onの自動更新が起動されることになります)。

lavさんの言うところの「ＪＡ仕様」「ｖｅｒｕｐ」を具体的に説明して頂けると助かります。

というのも私の環境では、firefoxは日本語で検索できますし、アップデートの際にそれがどうかなる事はありませんので。
lavさんの言うところの「ＪＡ仕様」「ｖｅｒｕｐ」と私の考えるそれとは何か隔りがあるように感じています。

オフトピ
そういえば、Ubuntuのブックマークにはデフォルトで、mozilla の英語サイトが登録されていますね。
たとえば、firefox のサポートページは
http://support.mozilla.com/
や
http://support.mozilla.com/ja/kb/
ではなく
http://support.mozilla.com/en-US/kb/
と明示的に英語サイトを指定しています。