ご存知かもしれませんが、いくつか解説を。
MBRとはマスターブートレコードのことで、ここには起動用のプログラムが格納されています。
Linuxでは、GRUBという独自のブートローダ(起動用のプログラム)が利用可能で、Ubuntuも標準の設定のままインストールしたのであれば、このブートローダがドライブにインストールされることになります。
このGRUBが、MBRを上書きしてしまうと、MBRがロードされない状況になります。
この状況が、ご質問の内容から想像でき、可能性としてかなり高いかもしれません。

そこで、hir0さんは、
・再インストール (MBRをOS本体ごと復元)
・インストールディスクからの修復 (回復コンソールをメニューから選択して、fixmbrというコマンドを実行)
などを返答されたのではないかと思います。

とりあえず、上記2つを考えていただいて、もし良ければ実行していただければと思います。
ただ、回復コンソールを利用する方法は、データは残りますが(MBRのみ修復するため)、場合によっては少し手間に感じることはありかもしれません。

mblack様
分かりやすい解説ありがとうございます！
MBRやGrubは依然から何のことやらまったく分からなかったので大変参考になりました。
ちなみに、mblack様のおっしゃる「回復コンソール」というのはどのようにして画面上に表示すれば宜しいのでしょうか？

質問ばかりで（それも分かってる方からすれば非常に単純かと思われるような）大変申し訳ございません

再インストールの件ですが、私はWindows Vistaの再インストールと解釈させていただいて説明しました。
回復コンソールについては、zaganさんの示したヘルプページの通りにやれば問題なく表示されると思いますので、表示された端末に、
fixmbr
と入力して実行していただければ、MBRの修復は問題なく行われると思います。

質問、分からなかったらしていただいて結構ですよ。
ただ、少し調べてみたりすると操作方法などすぐに出てくることもありますので、個人的にはそういうこともトラブルの際にはお勧め致します。
でも、もしまた何か質問していただければ、力及ばずということでなければ、何か有用になりそうな投稿をお返しさせていただきたいと思いますので、フォーラムも十分に活用していただけたらと思います。

解決策としての再インストールはVISTAのほうです。
データ等の心配が無いとのことでしたので「多分大丈夫だろう」のMBRの修復より再インストールを安全で手軽として優先度を一番にしました。ただ再インストールは30分前後から1時間程かかると思いますがMBRの修復自体は数分で完了します。
Ubuntu Tips/USBデバイスへのインストール/UbuntuをUSBストレージ（USBメモリ・HDDなど）にインストールするには
今回の原因はgrubのインストール先の選択ミスでしたので、手順の１０以下を参考にしてみてください。

MBRを書き換えると今度はUbuntuが起動できなくなります。
対策としてはVISTAの復旧の前に端末から
$ sudo grub-install /dev/sdb

/dev/sdb はもちろんUSBデバイスですが環境により異なりますので
$ sudo fdisk -l
で確認してみてください、極力余分なデバイスを外した方が勘違いによるミスを防げます。

もしVISTA(MBR)の復旧がすんでUbuntuが起動しない場合はVISTAと同じ理由で再インストールが良いでしょう。
再インストールせずに復旧を試みるのでしたらコマンドなどに慣れ親しむ機会かも知れませんが個人の好き嫌いがある様なので、相談していたらければ誰かしらのアドバイスが出るはずですので気兼ねなくどうぞ。

お久しぶりです。
いろいろ頑張ってみたのですが、どうにもこうにもまったく先に進めずにいます（苦笑）

第一ステップのVistaの再インストールからです。
CDを入れて「再起動」をしても、「Ubuntu　kenerl・・・」を選択する黒い画面になってしまい、
CDが起動しません。

どうしたらよろしいですか？？？

＃1をもう一度見直してみました。

◇経緯
UbuntuをUSBからboot可能にしたのはよいのですが、
パーティションの区切り方の設定に不備があったみたいで、WindowsOSから起動してもそのUSBにデータを入れることができなくなってしまいました（本来のUSBの使い方ができなくなってしまった、ということです）。

WindowsからはLinuxのファイルシステムExt2,3,4 を認識できないのでそれが原因かも。
FATはWindows,Linux両方から読み書き出きるのでデータ共有用のパーティションをFAT32で作る、もしくはWindowsからExt2,3,4を認識できるソフトを導入する。

ちなみにLinuxからNTFSは読み書きできませんが標準でソフトが仕込まれています。
情報としては先頭に認識できないExt形式などのパーティションが有ると後に続くFATやNTFSも認識できなくなると言う話も有りますが、私の環境では大丈夫の様です。

そこで、パーティションを設定しなおそうとGpartedで操作をしていたところ、
誤ってWinRe（？）というのを削除、そのまま保存してしまいました。
念のため、USBなしでパソコンを起動させたらWindows Vistaが開かなくなってしまいました（Error 13と表示）

これは削除した物が関係するのではなさそうです。
HDDのMBRにインストールしたgrubはUSBにインストールされたUbuntuのディレクトリに有るブートファイルを読み込み起動出来ていました、つまりHDDとUSBはワンセットで起動出来る様になっていたのが原因です。

次回、回避するにはインストール時の設定でgrubのインストール先をUSBの先頭にします。
例、USBを/dev/sdbとした場合
正　/dev/sdb
誤　/dev/sdb1
https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/UsbInstall/InstalltoUSBStorage
手順　10、11 ですね。今回の様に別の物を上書きしてしまう失敗で無ければ間違っても直ぐに訂正は出きるので、、、いえ、間違わない様に慎重にインストールを行って見てください。