ネットワークのプロキシの設定でも全く変化がありませんでした。

プロキシの設定はシステム -> 設定 -> ネットワークのプロキシとfirehox,synapticの3つを変更しました。
それ以外は知識があまりないので、いじってはいません。

awed5595さん

直し方を紹介します。

最初に、Synaptic上で設定できるプロキシの設定は、インターネットに直接接続する設定に戻しておいてください。(既にされていると思いますが)

次に、「ネットワークのプロキシ」画面で、「インターネットに直接接続する」を選び、Apply System-Wide...ボタンを押してください。(*1)
今回の場合、これでプロキシ設定は初期状態に直るはずです。
その後、今回の場合、もしアップデートマネージャが起動しているならば一旦それを終了し起動し直します。

(*1) 8.10, 9.04(もしくはこれ以降仕様が変わらなければ)での話です。8.04にはApply System-Wide...ボタン自体がないので該当しません。  8.10では「Apply System-Wide」、9.04では「システム全体に適用」といボタン名称です。