[Jackなしの場合] Rosegarden -> timidity++ -> ALSA ->音声
Rosegardenを起動時に「jackも起動してよ」というアラートが出るものの、無視して音を鳴らすとtimidity++からの出力がALSAに届いて音が出ます。jackなしなので、他のJackを利用する音楽アプリとの併用・同期ができません。

[Jackありの場合] Rosegarden -> timidity++ -（つながらず）-> Jack-> ALSA -> ×音声
Rosegarden起動時のアラートは出ませんが、timidity++からの出力はjackに届かず、音が出ません。他の音楽アプリとの同期は出来るので、timidity++ではないソフトシンセ（プラグインも含めて）を起動することで音が出せます。

これを、timidity++がjackに音を出力してくれるようにしたいと思いました。

私の環境だと、timidityはシステム起動時にrootが実行しています。この際、timidityの起動オプションはALSA経由で音を出すようになっています（timidity -Os -iAD）。timidity++がJack経由で音を出すように起動オプションをつけて端末で実行すると、Jackを経由して音が出ました。Rosegardenでも適切に設定すると、音が出ます。

しかしこの場合、timidity++のプロセスが2つ出来てしまい（ユーザとroot）、Rosegardenでの設定が少し面倒です（使わないroot起動のポートも表示）。

なので現在は、rootのtimidity++をシステムの起動の度に止めて、改めてユーザで実行してます。
1. システム起動、ユーザでログイン。
2. root起動のtimidity++のPIDを調べて、kill
3. jackを起動
4. jackに出力するオプションをつけて、ユーザでtimidity++を起動（timidity -iA -Oj）。
5. Rosegardenで音楽編集・再生
6. 作業終了後はtimidity++を終了。
7. MIDIを鳴らすアプリ（例えばAudaciousなど）を起動する際は、その都度timidity++を起動。Jack不要（timidity -Os -iAD）

この作業が結構面倒なので、以下の様にしたいと思ってます。
1. rootの自動実行をやめる
2. timidity++のオプション付きスクリプトをいくつかデスクトップに用意する

2.はできるんですが、1.はどのファイルを参照したらよいのか見当もつきません。Ubuntu Studioとは言え元はUbuntuですので起動時の動作は同じだと思います。起動時にどのようなファイルを読み込むのか、情報いただければと思います。

または、ここまでの説明を見た方で、もっとうまい方法をご存知の方がいらっしゃいましたら、お教え願えませんか？

（あぁ、タイトルも「システム起動時の自動実行を解除したい」に変更出来たらいいのに…）

私は過去にインストール経験があるのみで、本格的にtimidity++を利用したことがないので分からないのですが、
起動時にサービスとして実行されているということはないのでしょうか?

もしそうでしたら、起動のサービスを管理するツールを使えば、自動実行をやめることができるかもしれません。