こんばんは
man xset で検索しました。

　～一部省略～
m オプションはマウスのパラメータを制御する。マウスのパラメータに は `acceleration'(加速値)と`threshold'(しきい値)がある。acceleration は整数か単純な分数で指定する。
マウスまたはこのマシンに接続している全てのポインタ、短時間に `threshold' ピクセル 数以上移動すると `acceleration' 倍速くなる。この方法により、マウスをゆっ くり動かしたときは正確な調整に利用でき、かつ必要ならば手首のスナップで 画面上を速く移動させることができる。 m オプション用の1つまたは両方のパラメータを省略することができるが、1つだ け指定した場合には、acceleration 値と解釈される。パラメータを指定しな かった場合や 'default' フラグを指定した場合には、システムのデフォルト 値がセットされる。
～一部省略～
これらの設定はログアウトするとデフォルト値に戻る。

全ての X の実装でこれらのオプション全てが動作する保証は無い点に注意すること。

ですので、xが再起動されると元の値に戻るということになり、  サスペンドからの復帰でも例外ではないようです。
グラフィカルなら
システム→設定→マウスとたどっていくと設定パネルで設定できますが、これではまずいですか？　xorg.confを編集することによって、できなくもありませんが、最近のUbuntuでは周辺機器の設定はxorg.confから別の設定ファイルに変更しようとしていますので、xorg.congへ画面以外の設定を記述ことは推奨されていません。