済みません、上記で紹介した deb は多分、依存関係などのエラーが出て上手くインストール出来ないですね。
少し探してみましたが、jaunty や karmic 用には新しいパッケージがビルドされていますが、LTS 用には用意されていないようですね。
やはり、ソースからビルドするしかなさそうです。
とは言っても、インストールする必要がないので、気楽です。

以下は私が試した実行方法ですので、参考にしてください。
私の環境は、9.04 ですのでいくらか違いが出るかも知れません。
問題があった場合は、また質問してください。
詳しくは下記を参照してください。
http://jd4linux.sourceforge.jp/manual/230/make.html

1.必要なライブラリをインストールします。Synaptic または端末よりインストールしてください。
すでにインストールされているものもあるかもです。
autoconf
automake
g++
gnutls-bin
libcurl3-gnutls
libgnutls-dev
libgnutls26
libgtkmm-2.4-1c2a
libgtkmm-2.4-dev
libgtkmm-utils2
libtool
make
zlib1g
zlib1g-dev

2.必要なライブラリのインストールが終了したら、jd 本体をダウンロードします。
2009/08/15 現在、jd-2.4.1-090712 が stable なので、下記からダウンロードします。
http://sourceforge.jp/projects/jd4linux/downloads/41293/jd-2.4.1-090712.tgz/
上手くいかない or 他のバージョンにしたいとかの場合は、下記から選んでください。
http://sourceforge.jp/projects/jd4linux/releases/?package_id=4958

3.ダウンロードが完了したら、下記のように展開(解凍)します。
$ tar xvf jd-2.4.1-090712.tgz

4.解凍して出来た jd-2.4.1-090712 ディレクトリに移動します。
$ cd jd-2.4.1-090712

5.make します。
$ autoreconf -i
$ ./configure
$ make
プロンプトに戻ればビルド終了。
環境にもよりますが、20〜40分くらいかかるでしょう。

6.端末から、src/jd として起動します。
もしくは、jd-2.4.1-090712 ディレクトリ自体を /usr/bin あたりに移動してシンボリックリンクを張ります。
あ、別に移動しなくても良いんですけどね。ただ、分かりやすいかなと思って。
$ sudo mv jd-2.4.1-090712 /usr/bin
$ sudo ln -s /usr/bin/jd-2.4.1-090712/src/jd /usr/bin/jd
上記のようにすれば、端末から単に jd と叩いただけで JD が起動します。
メニューに追加するには、メインメニュー ｰ> インターネットあたりで、新しいアイテムをクリックして、
コマンドに /usr/bin/jd-2.4.1-090712/src/jd と登録すれば OK です。

http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja/intrepid-experimental/
ここからapt-get sourceしてリビルドができるなら、それが一番早いかもしれません。

参考にさせていただき
以下のスクリプトでJDのバージョンアップを行いました。

sudo apt-get install jd
sudo apt-get build-dep jd
svn checkout http://svn.sourceforge.jp/svnroot/jd4linux/jd/trunk
cd trunk
autoreconf -i
./configure
make
strip src/jd
sudo rm /usr/bin/jd
sudo  ln -s `pwd`/src/jd /usr/bin/

> n_saito さん
　メンテナンスを継続する必要があることから労力はばかにならないかもしれませんが、PPA を作られると幸せになる人が多いかもです。

# PPA を構築するにはなんらかの条件を満たす必要があるのでしょうか？ > 識者の方々

avidya による投稿:

# PPA を構築するにはなんらかの条件を満たす必要があるのでしょうか？ > 識者の方々

LPのアカウントさえあれば特に条件はありません。ライセンス的な制約（Ubuntu的にmainかuniverseに入らないとダメ≒Debianのnon-freeはダメ）はあります。

hardy用の書き込めない問題をクリアしたバージョンのパッケージってexternalにありませんでしたっけ？
PPAは自分の持っているバージョンのubuntu用しか作ってくれないのが残念ですねえ。せめてLTS用も作ってくれたならっ

https://launchpad.net/~nao/+archive/jd
一応リビルドしただけのようなものを晒してみました。
その他は順次
https://launchpad.net/~nao/
あたりで...。