「OSを選択する画面」というのがいまひとつ確定できないのですが、
「Ubuntu 9.04, kernel 2.6.28-13-generic」だとかいう選択肢が並んでいる画面でしょうか。それともrEFItの画面でしょうか。

インストール時、acpi=offを指定しているとハードウェアの機能が切り離されている可能性があるので、acpiをforce指定して起動してみたいところです。アンダースコアが入力できないということでしたが、起動時（オプションを入力する画面）に「F3」を押すとキーボードの選択が可能です。ここで他の配列にするとアンダースコアを入力できるようにならないでしょうか。

色々と試してみましたが、やはり acpi=pff にするしか起動できない様子です。

これがハードウェアを切り離している原因だとすると、インストール前に acpi=pff を解除する方法はあるのでしょうか？

どなたがご存じでしたら、よろしくお願いします。

再起動できないとのことですが、もう少し具体的にはどのような症状・現象でしょうか。
また、なにかエラーメッセージはでていませんでしょうか。
Ubuntuで起動したときはMacOSXの機能は関係無いことですので、MacOSXがEXT3を読めるかどうかは問題になりません。
なにか別に原因があるものと考えます。
MACにUbuntuを入れて使っている人は少ないと思うのでコメントはつきにくいかも知れませんが、頑張って下さい。

> GRUBの画面が表示され「Ubuntu 9.04, kernel 2.6.28-13-generic」と
> 「WINDOWS」が表示されるが、キー操作がまったくできなくなっていて、強制終了
> するしかなくなる。
この部分ですが、そのまましばらく放置すると、どちらかが起動したりしないでしょうか。
いくつか心当たり(?)はあって、AT互換機の場合、GrubがUSBキーボードを認識できずに、
キーボードが効かなくなる現象があるそうです。AT機の場合は、BIOSでUSB Legacy Support
のオプションを有効化することで回避できたりするようですが、Macにも似たような設定はあります
でしょうか。もし、なにかそのような設定ができれば試してみてください。
次に考えられるのは、GrubがUbuntuを起動しようとしたときに、acpi=offのオプションを必要として
いて、起動でこけてハングしているケースです。この場合は、Grubの設定ファイル(menu.lst)に
acpi=offのオプションを付けることで回避できるかと思います。
今は、OS XからUbuntuをインストールしたパーティションが参照できる状態でしょうか。
そうであれば、Ubuntuでいうところの/boot/grubに相当する場所に、menu.lstがあるはずなので
その内容を投稿願います。
元がFreeBSDのはずなので、問題なくext3領域にアクセスできるのではないかと思いますので、
書き換えはOS Xからでも良いような気もしますが、面倒でなければUbuntuのLiveCDからの方が
安心かも。。

hmatsue様　まず「GRUB画面の放置」やってみましたが、起動しませんでした。

/boot/grubに相当する場所に、menu.lstがあるはずなのでその内容を投稿願います。

長くなりますが、書き込ませていただきます。

# menu.lst - See: grub(8), info grub, update-grub(8)
#            grub-install(8), grub-floppy(8),
#            grub-md5-crypt, /usr/share/doc/grub
#            and /usr/share/doc/grub-doc/.

## default num
# Set the default entry to the entry number NUM. Numbering starts from 0, and
# the entry number 0 is the default if the command is not used.
#
# You can specify 'saved' instead of a number. In this case, the default entry
# is the entry saved with the command 'savedefault'.
# WARNING: If you are using dmraid do not use 'savedefault' or your
# array will desync and will not let you boot your system.
default        0

## timeout sec
# Set a timeout, in SEC seconds, before automatically booting the default entry
# (normally the first entry defined).
timeout        10

## hiddenmenu
# Hides the menu by default (press ESC to see the menu)
#hiddenmenu

# Pretty colours
#color cyan/blue white/blue

## password ['--md5'] passwd
# If used in the first section of a menu file, disable all interactive editing
# control (menu entry editor and command-line)  and entries protected by the
# command 'lock'
# e.g. password topsecret
#      password --md5 $1$gLhU0/$aW78kHK1QfV3P2b2znUoe/
# password topsecret

#
# examples
#
# title        Windows 95/98/NT/2000
# root        (hd0,0)
# makeactive
# chainloader    +1
#
# title        Linux
# root        (hd0,1)
# kernel    /vmlinuz root=/dev/hda2 ro
#

#
# Put static boot stanzas before and/or after AUTOMAGIC KERNEL LIST

### BEGIN AUTOMAGIC KERNELS LIST
## lines between the AUTOMAGIC KERNELS LIST markers will be modified
## by the debian update-grub script except for the default options below

## DO NOT UNCOMMENT THEM, Just edit them to your needs

## ## Start Default Options ##
## default kernel options
## default kernel options for automagic boot options
## If you want special options for specific kernels use kopt_x_y_z
## where x.y.z is kernel version. Minor versions can be omitted.
## e.g. kopt=root=/dev/hda1 ro
##      kopt_2_6_8=root=/dev/hdc1 ro
##      kopt_2_6_8_2_686=root=/dev/hdc2 ro
# kopt=root=UUID=4ffb35ac-3588-4f41-86e4-4369ab1666e9 ro acpi=off

## default grub root device
## e.g. groot=(hd0,0)
# groot=4ffb35ac-3588-4f41-86e4-4369ab1666e9

## should update-grub create alternative automagic boot options
## e.g. alternative=true
##      alternative=false
# alternative=true

## should update-grub lock alternative automagic boot options
## e.g. lockalternative=true
##      lockalternative=false
# lockalternative=false

## additional options to use with the default boot option, but not with the
## alternatives
## e.g. defoptions=vga=791 resume=/dev/hda5
# defoptions=quiet splash

## should update-grub lock old automagic boot options
## e.g. lockold=false
##      lockold=true
# lockold=false

## Xen hypervisor options to use with the default Xen boot option
# xenhopt=

## Xen Linux kernel options to use with the default Xen boot option
# xenkopt=console=tty0

## altoption boot targets option
## multiple altoptions lines are allowed
## e.g. altoptions=(extra menu suffix) extra boot options
##      altoptions=(recovery) single
# altoptions=(recovery mode) single

## controls how many kernels should be put into the menu.lst
## only counts the first occurence of a kernel, not the
## alternative kernel options
## e.g. howmany=all
##      howmany=7
# howmany=all

## specify if running in Xen domU or have grub detect automatically
## update-grub will ignore non-xen kernels when running in domU and vice versa
## e.g. indomU=detect
##      indomU=true
##      indomU=false
# indomU=detect

## should update-grub create memtest86 boot option
## e.g. memtest86=true
##      memtest86=false
# memtest86=true

## should update-grub adjust the value of the default booted system
## can be true or false
# updatedefaultentry=false

## should update-grub add savedefault to the default options
## can be true or false
# savedefault=false

## ## End Default Options ##

title        Ubuntu 9.04, kernel 2.6.28-11-generic
uuid        4ffb35ac-3588-4f41-86e4-4369ab1666e9
kernel        /boot/vmlinuz-2.6.28-11-generic root=UUID=4ffb35ac-3588-4f41-86e4-4369ab1666e9 ro acpi=off quiet splash
initrd        /boot/initrd.img-2.6.28-11-generic
quiet

title        Ubuntu 9.04, kernel 2.6.28-11-generic (recovery mode)
uuid        4ffb35ac-3588-4f41-86e4-4369ab1666e9
kernel        /boot/vmlinuz-2.6.28-11-generic root=UUID=4ffb35ac-3588-4f41-86e4-4369ab1666e9 ro acpi=off  single
initrd        /boot/initrd.img-2.6.28-11-generic

title        Ubuntu 9.04, memtest86+
uuid        4ffb35ac-3588-4f41-86e4-4369ab1666e9
kernel        /boot/memtest86+.bin
quiet

### END DEBIAN AUTOMAGIC KERNELS LIST

# This is a divider, added to separate the menu items below from the Debian
# ones.
title        Other operating systems:
root


# This entry automatically added by the Debian installer for a non-linux OS
# on /dev/sda4
title        Windows Vista (loader)
rootnoverify    (hd0,3)
savedefault
chainloader    +1

それから、このような記事をみつけました。
http://d.hatena.ne.jp/mkouhei/searchdiary?word=*%5BMacBook%5D
この方の６／１１の内容が私の症状とよく似ているようです。６／３０の方法で解決しているのであれば、
何か参考になりますでしょうか？よろしくお願いします。

hmatsue様　/boot/grub/device.map　の内容です。
↓これしか書かれていませんでした。

(hd0)    /dev/sda

私の場合、HDの/dev/sda3にUbuntuをインストールしたので、試しに「3」を追記して再起動してみましたが無反応でした。

hmatsue様

もしカウントダウンが始まらない、そもそも表示されない、などであるとGrubが固まっていると考えてよいかと思います(*1)。
この場合、以前、別トピックでkaorinさんからアドバイスのあったMacbookのF/Wのバグの可能性があります。
http://nu4.nu/tbomb/
F/Wのアップデートがあれば適用してみて下さい。
また、この場合は、--no-floppyオプションを試してみるのもよいかもしれません。

カウントダウンが表示されていませんでしたので、(*1)で試してみました。

firmwareのアップデートについてですが、実行したところ「このアップデートは完了しているため不要です」とメッセージが出ました。

それで、boot/grub/menu.listの

## ## Start Default Options ##
## default kernel options
## default kernel options for automagic boot options
## If you want special options for specific kernels use kopt_x_y_z
## where x.y.z is kernel version. Minor versions can be omitted.
## e.g. kopt=root=/dev/hda1 ro
##      kopt_2_6_8=root=/dev/hdc1 ro
##      kopt_2_6_8_2_686=root=/dev/hdc2 ro
# kopt=root=UUID=4ffb35ac-3588-4f41-86e4-4369ab1666e9 ro acpi=off

末尾「acpi=off」を「--no-floppy」に書き換えて再起動したところ、以下のメッセージが出ました。

[Minimal BASH-like line editing is supported.For the first word,TAB list possible command completions.Anywhere else TAB list the possible completions of device/filename.]
grub>_

何やら、あと一息の様子です！
「grub>_」のところに、どんなコマンドを打ち込めばよいでしょうか？

あ、いや、そういう意味では無いです。--no-floppyは
http://d.hatena.ne.jp/mkouhei/searchdiary?word=*%5BMacBook%5D
にあるようにgrubのインストール時に、grub-installに与えるオプションです。
とりあえず、menu.lstは元の状態に戻して下さい。

--no-floppyオプションと書いたのは、
https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/Others/RepairMbrWithGrub
の手順に沿って、LiveCDからシステムを起動し、
$ sudo /usr/sbin/grub-install /dev/sda --no-floppy
を実行するという意味だったのですが、よくよく考えるとdevice.mapが優先されたりしないのかな、と疑問に思いました。
やってみても、結局変わらないような気がします。。

F/Wアップデートが効かなかったというのは痛いですね。。
正直かなりの手詰まり感があります。
http://d.hatena.ne.jp/mkouhei/searchdiary?word=*%5BMacBook%5D
をよく読み直したところ、どうやらgrub2を使っているっぽいですね。
5/5の記事で、起動できなかった元のカーネルローダがliloっぽいことを書いているので少し状況は違いますが、grub2でなら起動できるのかも知れません。

hmatsue様　
そうですね、「rEFIt」というMac用のマルチブートソフトでWindowsはGRUBとは無関係に起動します。

各行の先頭に#をつけてコメントアウトしてみて下さい。これで再起動でどうでしょう。。

のとおりやってみたところ、#をつけた行が表示されなくなりましたが、表示されたUbuntuは相変わらず無反応です。

GRUB2をインストールしてみましたが、やはり起動しません。

外付けキーボードは調達してこなければ試せないので、また進展があれば投稿させていただきます。
お手数かけていただき、本当にありがとうございました。

hmatsue様　おっしゃるとおり、ダメもとでGRUBそのものを捨ててみたら、＃１４の表示が現れ、キーが効くようになっていました。
grub>_　以下に何か打ち込んで起動すればけっこうなものなんですが・・・
9.10で解決するかもしれませんし、同じ症状でお困りの方のためにも、こつこつと取り組んでみようと思います。

hmatsue様　↑の「順に」というのは「１行ずつ別個に」ためしてみるということでしょうか？
ちなみに、それをするためにはGRUBを削除してしまわないとキー操作自体ができないので、GRUBがない状態でそのコマンドを入力するという解釈で
大丈夫でしょうか？

すいません。説明不足であったような気がするので補足します。
#21は、
grub>_
が表示された状態で、
root (hd0,2)
kernel /boot/vmlinuz-2.6.28-11-generic root=/dev/sda3 ro acpi=off nosplash
initrd /boot/initrd.img-2.6.28-11-generic
を1行づつ入力してみてください、の意です。
もし、今、インストール直後の状態になっているのであれば、上記確認をすっ飛ばして、timeout行をコメントアウトするのを先に試してもよいかも知れません。
これまでの情報から、grubがBIOSから(?)時間をとるところで固まっているような気がします。推測どおりであればtimeoutをコメントアウトすれば、時間を見に行かなくなってかたまらないのではないかという期待です。キーボードが固まらない状態になれば、カーソルで項目選択して、エンターで起動できるのではないかと期待します。