よく考えたら
$ sudo im-switch -l
は不要でした。

#4のmatahariさんへ

#4の結果は両者とも全く同じですね。#2では、im-switch -lの結果に差異があるだろうと予想していましたが、予想が全く外れてしまいました。

こうなると、私には、環境の差異を当てずっぽうで探る強引な方法しか思いつきません。
上記X-Y)を行い、結果をご自身で整理してみると道が開けるかもしれません。

X)xming+puttyの接続設定ファイル(*.xlaunch)はubuntuA,Bで一緒か？
設定はテキストファイルのはずなので、テキスト比較してみる

Y)別ユーザuser2を作り、user2@ubuntuA, user2@ubuntuBだとどうなるか？

Yの結果に変化有 -> ユーザレベルで差異の可能性高い
・user@ubuntuA, user2@ubuntuA, user@ubuntuB, user2@ubuntuBで、printenvコマンドの結果の比較
・user@ubuntuA, user2@ubuntuA, user@ubuntuB, user2@ubuntuBで、ホームディレクトリ配下の比較

Yの結果に変化無 -> システムレベルで差異の可能性高い
・ubuntuA, ubuntuBで、dpkg --get-selectionsコマンドの結果の比較(=パッケージの差異が分かる)
・ubuntuA, ubuntuBで、/etcディレクトリ配下の比較

STGSAGWAN による投稿:

#4のmatahariさんへ

#1のmatahari による投稿:

ubuntu Aでは/etc/shellsに/usr/bin/firefoxを追加し、config.xlaunchからのダブルクリックのみで
日本語入力可能なfirefoxを使うことが可能です。

/etc/shellsについては当然ubuntuA,B間が同じ状態で検証してますよね？
文章から分かる範囲で、明らかに違いがあるのは、/etc/shellsなので。

書き忘れていましたが、これは同じです。

STGSAGWAN による投稿:

#4のmatahariさんへ
X)xming+puttyの接続設定ファイル(*.xlaunch)はubuntuA,Bで一緒か？
設定はテキストファイルのはずなので、テキスト比較してみる

　ubuntuAの設定ファイルをコピーしてRemoteHostのみ変更しています。

Y)
ユーザレベルでの変化はありませんでした。

ubuntuAは groupとshadowにldapを用いるように変更してしまったため、
ubuntuBとのパッケージの差が開いてしまいました。

ちょっと気持ち悪いですが、回避策を使ってscimを起動するば解決するので、
その方法で我慢するしかないのかなと思います。

*****  ubuntuA.txt
auth-client-config                              install
bsd-mailx                                       install
exim4                                           install
exim4-base                                      install
exim4-config                                    install
exim4-daemon-light                              install
gawk                                            install
hddtemp                                         install
ldap-auth-client                                install
ldap-auth-config                                install
libio-multiplex-perl                            install
libmysqlclient15off                             install
libnet-server-perl                              install
libnet-snmp-perl                                install
libnss-ldap                                     install
libpam-ldap                                     install
libpq5                                          install
libradius1                                      install
libsensors4                                     install
linux-headers-2.6.28-15                         install
linux-headers-2.6.28-15-generic                 install
linux-image-2.6.28-15-generic                   install
linux-restricted-modules-2.6.28-15-generic      install
lm-sensors                                      install
mailx                                           install
munin-node                                      install
munin-plugins-extra                             install
mysql-common                                    install
nagios-nrpe-server                              install
nagios-plugins                                  install
nagios-plugins-basic                            install
nagios-plugins-standard                         install
opfc-modulehp-ipamonafont-otf-source            install
opfc-modulehp-ipamonafont-source                install
postfix                                         deinstall
radiusclient1                                   install
smartmontools                                   install
snmp                                            install
xnest                                           install

*****  ubuntuB.txt
adobereader-jpn                                 install
adobereader-jpn-ipamonafont                     install
cmap-adobe-japan1                               install
flashplugin-installer                           install
gsfonts-x11                                     install
lha-sjis                                        install
libnet-cidr-perl                                install
linux-headers-2.6.28-11                         install
linux-headers-2.6.28-11-generic                 install
poppler-data                                    install
ttf-ipafont                                     install
ttf-ipamonafont                                 install
ttf-kochi-gothic                                install
ttf-kochi-mincho                                install
xpdf-common                                     install
xpdf-japanese                                   install
xutils                                          install
xutils-dev                                      install

#8のmatahariさんへ

＞どうしてなんでしょう？
あいにく、私には分かりません。
環境変数DISPLAYのあたりとか全く疎いので。
他の人に譲ります。