回答ありがとうございます
BIOSの起動画面を確認したら、
/dev/sdaはUDMA2
/dev/sdbはUDMA5
と表示されていました
BIOSの設定項目ではDMAのモードを指定できないため、UDMA2をUDMA5に変更することはできないのかな。

でも、
UDMA２からUDMA1へ変更できないし、
/dev/sdbはUDMA5と表示されていたのにもかかわらず、hdparmではudma2に*が付いていました
なぜ、遅い速度に変更できないのか、また、UDMA5で認識されていたのにUDMA2なのかがよくわかりません

モード変更出来そうな/dev/sdbをアンマウントしてhdparmを実施してみましたが、なぜか変更できませんでした
/dev/sdaは/に割り当てていますが、こちらの設定に引きずられるのでしょうか？



<-----以下、/dev/sdbへのhdparm実行ログ------->
root@neptune:~# df
Filesystem    Type    Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda1     ext3     75G   29G   42G  41% /
varrun       tmpfs    252M  896K  251M   1% /var/run
varlock      tmpfs    252M     0  252M   0% /var/lock
udev         tmpfs    252M   52K  252M   1% /dev
devshm       tmpfs    252M     0  252M   0% /dev/shm
/dev/sdb1     ext3     74G   29G   42G  41% /backup
/dev/sdc1     ext3    232G   64G  156G  30% /mnt/USBHD

root@neptune:~# umount /dev/sdb1
root@neptune:~# df
Filesystem    Type    Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/sda1     ext3     75G   29G   42G  41% /
varrun       tmpfs    252M  896K  251M   1% /var/run
varlock      tmpfs    252M     0  252M   0% /var/lock
udev         tmpfs    252M   52K  252M   1% /dev
devshm       tmpfs    252M     0  252M   0% /dev/shm
/dev/sdc1     ext3    232G   64G  156G  30% /mnt/USBHD
root@neptune:~# hdparm -X udma5 /dev/sdb

/dev/sdb:
setting xfermode to 69 (UltraDMA mode5)
SG_IO: bad/missing ATA_16 sense data::  70 00 05 00 00 00 00 0a 00 00 00 00 24 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00 00
HDIO_DRIVE_CMD(setxfermode) failed: Input/output error

回答ありがとうございます
モードを変更したい理由は、UDMA５をサポートしているHDDなのにUDMA2で利用しているのはもったいないし、体感的にも遅いからです
あと、SATAではなく昔のIDE接続（パラレルケーブル）のHDDです
HDDには、DMAモードを変更するジャンパはありませんでした。プライマリ、セカンダリ、CableSelectを切り替えるジャンパのみです
BIOSが初期バージョンでしたので、最新に変更してテストしてみたいと思います

BIOSはギガバイトの7VTXE+です
http://www.gigabyte.co.jp/Support/Motherboard/BIOS_Model.aspx?ProductID=1311


BIOSアップデート後に結果をリプライさせていただきます

マザボやBIOSが対応していても、IDEケーブルが対応していないとダメという罠があったように記憶していますが、そのあたりは大丈夫なのでしょうか。

お世話になっています

ケーブル探したらありましたので、テスト結果をお伝えします

結論から申し上げますと、
/dev/sdaはudma6
/dev/sdbはudma2
になりました

/dev/sdaはケーブルを交換したらBIOSでATA66/100を選択してもHDDを認識できるようになりました
/dev/sdbはケーブルを交換してもudma2からかわらずでした
たぶん、CDROMも同じケーブルにつなげているので、遅い方になっちゃうのかな

だけど、udma6になったのに、転送速度がまったく向上しないのはなぜでしょうか？


<------以下ログ------>
/dev/sda:

Model=Maxtor 4R080L0                          , FwRev=RAMC1TU0, SerialNo=R2A6VVAE       
Config={ Fixed }
RawCHS=16383/16/63, TrkSize=0, SectSize=0, ECCbytes=57
BuffType=DualPortCache, BuffSize=2048kB, MaxMultSect=16, MultSect=?16?
CurCHS=4047/16/255, CurSects=16511760, LBA=yes, LBAsects=160086528
IORDY=on/off, tPIO={min:120,w/IORDY:120}, tDMA={min:120,rec:120}
PIO modes:  pio0 pio1 pio2 pio3 pio4
DMA modes:  mdma0 mdma1 mdma2
UDMA modes: udma0 udma1 udma2 udma3 udma4 udma5 *udma6
AdvancedPM=yes: disabled (255) WriteCache=enabled
Drive conforms to: ATA/ATAPI-7 T13 1532D revision 0:  ATA/ATAPI-1,2,3,4,5,6,7

* signifies the current active mode

root@neptune:~# hdparm -i /dev/sdb

/dev/sdb:

Model=Maxtor 6L080P0                          , FwRev=BAH41G10, SerialNo=L20CT3RG       
Config={ Fixed }
RawCHS=16383/16/63, TrkSize=0, SectSize=0, ECCbytes=57
BuffType=DualPortCache, BuffSize=8192kB, MaxMultSect=16, MultSect=?16?
CurCHS=4047/16/255, CurSects=16511760, LBA=yes, LBAsects=156301488
IORDY=on/off, tPIO={min:120,w/IORDY:120}, tDMA={min:120,rec:120}
PIO modes:  pio0 pio1 pio2 pio3 pio4
DMA modes:  mdma0 mdma1 mdma2
UDMA modes: udma0 udma1 *udma2 udma3 udma4 udma5
AdvancedPM=yes: disabled (255) WriteCache=enabled
Drive conforms to: ATA/ATAPI-7 T13 1532D revision 0:  ATA/ATAPI-1,2,3,4,5,6,7

* signifies the current active mode

root@neptune:~# hdparm -t /dev/sda

/dev/sda:
Timing buffered disk reads:   92 MB in  3.03 seconds =  30.35 MB/sec
root@neptune:~# hdparm -t /dev/sdb

/dev/sdb:
Timing buffered disk reads:   88 MB in  3.04 seconds =  28.99 MB/sec

いやそのHDDの速度がそんなものかと・・・

お世話になっています
ようやくhdparmで動的にDMAモードを変更できるようになりましたので報告します

変更点はkernelコンパイル時に
Generic PCI IDE Chipset Support
を有効にしました

これによって、HDDがそれぞれ
/dev/sda -->　/dev/hda
/dev/sdb -->  /dev/hdc
と表示されるようになり、
hdparm -X udma? で好きなDMAモードにできるようになりました

速度に変化はありませんでした
/dev/hda:
Timing buffered disk reads:  136 MB in  3.02 seconds =  44.97 MB/sec
/dev/hdc:
Timing buffered disk reads:  184 MB in  3.01 seconds =  61.15 MB/sec

hdparmで変更できなかったのは、EIDEドライブをSCSIドライブとしてエミュレーションしていたからかな。今時はSATAが当たり前ですしね

root@neptune:~# hdparm -X udma5 /dev/hdc
/dev/hdc:
setting xfermode to 69 (UltraDMA mode5)


あと、USBのHDDですが、最初の1回目はなぜか遅いですが、
理由は解りませんが、2回目以降は期待通りのスピードが出ていました

1回目
/dev/sda:
Timing buffered disk reads:   28 MB in  3.06 seconds =   9.15 MB/sec
root@neptune:~# hdparm -t  /dev/sda

2回目
/dev/sda:
Timing buffered disk reads:   78 MB in  3.04 seconds =  25.65 MB/sec

もしかしたら、 kernelのProcessor type and featureの設定で
Timer frequencyをいじって
OSの割り込み周期を短くすると少しは速くなるのかも・・・

<<<<<============= まとめ ==============>>>>>
・IDEケーブルをudma2（(端のコネクタがスレーブで途中のコネクタがマスタ)）からudma6対応(端のコネクタがマスタで途中のコネクタがスレーブ)のものに変更した
・kernelのバージョンを2.6.24から2.6.28へ変更した（必要ないかもしれない）
・kernelの設定で「ATA/ATAPI/MFM/RLL support　--> generic ATA/ATAPI disk support」を有効にした
・kernelの設定で「ATA/ATAPI/MFM/RLL support　--> Generic PCI IDE Chipset Support」を有効にした
・CDROMドライブとHDDドライブが同一ケーブル上に接続してあったので、CDROMを外した

最後になりましたが、
アドバイスいただいた方々ありがとうございました