Windows と ubuntu9.04 のデュアルブートにしなくてはなりません。

選択肢として「wubi」もあります。
windowsの中にファイルとしてUbuntuの領域を作りますのでOS専用にパーティションを切る必要が無くそれによるトラブルも防げます。
容量の変更で手間がかかる場合があるので、最初の容量は多めが良いかも（あくまで選択肢の紹介です）

WindowsのMBRを温存しなければなりません。

2つの解釈が出来ます。前者だと思うのですが、起動時にWinのブートローダーから起動したい。
もしくはWinのMBRを保存しておきたい。

ubuntu9.04のインストールの前にまず、未割り当てのパーティションを確保したいのですが、

これは結果的に目的が達成できれば方法は自由だと思います。

「Desktop 日本語 Remix CD」には、そのままではGPartedは含まれていないと認識しています。

いえ。ライブCDにはGPartedは含まれています、インストーラーもGPartedを使用しますので逆にGPartedが対応していないフォーマット等があるとエラーの原因になったりします。

注意する点は
Windows7 は起動方法？がこれまでのWindowsと異なる方式になっている。
パーティションの操作はデータ（OS）が破損する可能性もある。（無い様で結構ある）

上記の流れで概ねよろしいでしょうか？

全く問題ないと思いますよ。