[通信部分]
サーバー側とクライアントの２つのプログラム作ってソケット通信させる。
「java 通信　プログラミング」等で検索すると良いかも。

[本体部分]
遠隔操作が幅が広すぎるので絞り込んだ方が○
例えばメールの確認、ファイルの送受信等。
あれこれ考えるよりはRuntime#exec() でかなりのカバーが出きると思います。
.ファイルの生成、閲覧
.ソフトウェアの実行
.シャットダウン、再起動
.etc...
ソフトウェアの実行を組み合わせれば結構便利かも。
それから徐々にプログラミング的な機能を実装していけば覚えるのにも目的が出来て良いかも。
ちなみにjavaは知らないに等しいです。すみません。

>hir0さん
参考文献まで教えていただき
ありがとうございます。
参考にさせていただきがんばります。
また質問すると思いますのでよろしくお願いします。