gnuplotで出力したファイルをInkscapeで編集したいだけなら、SVG形式で出力するのがよいと思うのですがどうでしょうか。
set terminal svg
でいけます。

ただ、Inkscape 0.46にはcolorの取扱いにバグがあるらしく、そのままではgnuplotで出力したSVGを正しく編集できません。
これを修正するinkscapeプラグインやスクリプトを使う必要があります。
0.47では修正されているようです。

参考：
http://www.yamamo10.jp/yamamoto/wordpress/?p=46
https://bugs.launchpad.net/inkscape/+bug/196291
http://www.inkscapeforum.com/viewtopic.php?f=20&t=2051
http://d.hatena.ne.jp/tatatat/20081106/1225978370

皆様，ご指摘・ご助言，ありがとうございます．

> zagan 様
当方も，Inkscape で編集したファイルを emf 形式で保存することはできました．
しかし，最終的にはそのファイルを OpenOffice に挿入するのですが，OpenOffice に挿入しようとしても，図として挿入できませんでした(OpenOffice では emf ファイルが正常に挿入できることは確認済です)．

> toshio 様
最終的には，OpenOffice Writer で編集したものを MS Word 形式で保存し，Windows の MS Word でレイアウトを修正した上で，先方に提出したいと思っております(先方が Word しか編集できない; 先方も編集したいため PDF ファイルでのやりとりは不可)．なので，svg 形式が Windows 側で読み取れないため，svg ではなく，emf で保存したいのです．
「最初から，Windows の MS Word で編集せよ」というご指摘があるかもしれませんが，当方，メイン機が Ubuntu でWindows での作業は不便と感じ，またデータも gnuplot のグラフを扱うということで，OpenOffice でファイルを作成しました．

>si 様
当方も，一度 OpenOffice Draw で作成した図を OpenOffice Writer に貼り付け，MS Word 形式で保存しました．そのファイルを Windows の MS Word で開いた所，図が表示されない状態になりました．
また，Draw で編集した図を改めて，OpenOffice Writer 「形式を選択して貼り付け」の GDI メタファイルで貼り付けて，Windows MS Word で開いた所，図が横に伸びて図中の文字が哀れな状態になりました．
図を gnuplot にて，PNG 形式で保存しても良いのですが，PNG だと図の文字や罫線がぼやけるため，ベクターグラフィック形式の emf 形式が良いと判断した次第であります．

最終的には先方もファイルの図を拡大したり縮小したりしたいらしいので，綺麗に拡大縮小でき，Windows MS Word でも表示できるようにしたいと考えております．

また，Google Document で先方とのやりとりをしようかとも思ったのですが，Google Document の制約上 500 KB 以上のファイルの編集はできない(現在，件の図を含んだファイルは 700KB)とのことで断念せざるを得ませんでした．

それとも，この作業は Ubuntu 環境では諦めるしかないのでしょうか？

注文が多くて申し訳ないのですが，宜しくお願いします．