https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=41681
と同種の問題に思います。

オーディオプレーヤーなどでもよく見かけますが、FAT系列のディスクフォーマットを扱う機器で、ファイルの表示順などを
ファイル管理テーブルの更新順に頼っている場合がよくあるようです。

よって「Ubuntuだから(というよりWindows以外だから)起こり、設定でなおせない。」ため、
「後から処理して期待の形にする」という方法になるかと思います。

上記リンクで紹介されている「fatsort」というコマンドラインツールや「FDClone」など有用かと思います。