あまり的を射た回答とは言えないと思うのですが・・・。
アップグレードしたのは Ubuntu だけなんでしょうか？それとも、VirtualBox もアップグレードしたのでしょうか？
えぇと、つまり VirtualBox は 9.04 の時点で既に 3.010 だったのか、Ubuntu 9.10 にしてから 3.010 にしたのか、なのですが。
もし、Ubuntu 9.04 で VirtualBox 3.010 にしていたのなら、一度アンインストールして Karmic 用の 3.010 バイナリをインストールし直してみるとどうでしょうか？

ふーむ、そうでしたか。
vboxusers にもきちんと登録してあるとのことなので、取り敢えず下記を実行してみるとどうでしょうか？

端末から、

$ grep vboxusers /etc/group

下は私の環境の場合ですが、このときに表示される、スモール x の次の数字が、vboxusers のグループ ID です。

etit@petit-laptop:~$ grep vboxusers /etc/group
vboxusers:x:121:petit

これを下記のように /etc/fstab に追記します。数字は syosinnsya さんのものに換えてください。

none /proc/bus/usb usbfs devgid=121,devmode=664 0 0

そして、端末から下記のように入力して、一応念のため再起動してください。

$ sudo mount -a

これで VirtualBox の USB が使えるようになると良いのですが・・・。

単なる情報ですが、ワタクシの環境では正常にUSBプリンタを認識しております。
プリンタはCANON MP610。

手順的には、
9.04→9.10RC→VBox 3.0.10→9.10
という流れでアップデートを行っています。
特に、VBoxの設定変更は行っておりません。
ご参考まで。

今Windowsを触れない(つーか会社にしかない)ので確認できないのですが、VBoxAdditionalをインストールしなおしたり、USBフィルタを削除して、認識させなおしてみても改善しないでしょうか。

次の環境で同じ問題が発生しました。Ubuntu はクリーンインストールしました。
virtualbox 3.0.10 r54097 (AMD64)
ubuntu 9.10 amd64
プリンター：EPSON LP-1200

試しに、
http://www.virtualbox.org/wiki/Download_Old_Builds_3_0
を利用して、VirtualBox のバージョンを 3.0.10 → 3.0.8 → 3.0.6 と
ダウングレードしていったところ、3.0.6 でプリンタの状態が
「利用不可」から「ビジー」に変わりました。

この状態でゲストOS（Windows XP）を起動したところ、
プリンタで問題なく印刷できました。

3.0.8, 3.0.6 とも Ubuntu 9.04 用なので、これらをインストールすることで
どのようなリスクがあるのか分かりませんが、当面は 3.0.6 で過ごそうと思っています。

念のため 3.0.10 にアップグレードされる事が無いように、
Synaptic を使用してバージョンを 3.0.6 に固定しました。

alvinさん、どうもありがとうございます。
やはりVB側のバグだったんですね。アップデートは気長に待ちたいと思います。
どうもありがとうございました。

#7 の kaorin さん同様、私のところでも特に問題は発生してないんですよね・・・。
アップデートの仕方もほぼ同じです。
全く問題なく、USB 接続した MP600 から、VirtualBox の XP で印刷出来るんですよね・・・。
何が違うのやら。

#14 のURLの内容が気になったので、
もう一度 VirtualBox 3.0.10 を試すことにしました。

まずは、3.0.6 からのバージョンアップが正常に行われていることを確認：

alvin@koala:~$ VBoxManage -v
3.0.10r54097

次に、/etc/profile に「export VBOX_USB=USBFS」を追加：

alvin@koala:~$ tail -1 /etc/profile
export VBOX_USB=USBFS

Ubuntu 9.10 を再起動して、VirtualBox 3.0.10 で印刷出きることを確認しました。

#12 の VirtualBox のチケットが、その後どうなったか覗いてみたらクローズしてました。

ここには #17 の方法ではなく、lp グループに自分のアカウントを追加する方法が投稿されています。
実際に、この方法でも印刷できることを確認しました。

手順については次の記事が分かり易いと思います。
http://toshi-kaw.qee.jp/blog/ubuntu9-10virtualbox3-0win-xp%E3%81%A7usb%E3%83%97%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%86/