zagan様、早速のお返事ありがとうございます。
ご指摘の通り、環境依存の問題の様です。
新しいユーザ・アカウントを作ってログインしてみたところ
変換に関する問題は起きませんでした。
Ubuntu9.10では細かな変更点が多いようなので
つい早合点してしまいました。お騒がせして申し訳ありません。

ご紹介頂いたページのうち、上記２つはリンク切れの様です。
「Apache2構想メモ」の記事は読んでみました。
確かに、Apache2とPHPというのに心当たりがあります。
PHPを勉強してみようかと思い、昨日インストールしたばかりですので
こちらが原因という気もします。
ただ、参考ページを読んだだけではどのへんが問題解決の糸口なのかピンときません。
PHPにはまだ何も手を付けておらず、やったのは以下の作業のみです。

    ＜インストール＞
    ・sudo apt-get install php5 libapache2-mod-php5
    ・sudo /etc/init.d/apache2 restart
   
    ＜動作確認＞
    ・sudo gedit /var/www/testphp.php
        エディタで以下を記入して保存。
        <?php phpinfo(); ?>
        ブラウザで確認
        http://localhost/testphp.php

何か分かることがあればご教示ください。よろしくお願いします。

ああ、そうでしたか。
古いログインネームはあっさり諦めて
新しいユーザ・ネームで環境作り直します。

どうやら、それのようです。
一度.anthy以下を削除してバックアップと
差し替えたら問題なく変換出来ました。
ありがとうございます。