はじめまして、manakahiroともうします。
さっそくですが、
9.04 から9.10へアップグレードした環境で、新機能のディスクユーティリティを確認したところ、
１８４４６７４４０３０GBもの「未使用領域」が報告されます。　
「Palimpsest ディスク・ユーティリティ 2.28.0」とクレジットされています。いままで普通に使えていましたし、
fdisk などでチェックしてもWindowsとデュアルブートにしているとか、パーティションの切り方がちょっと
細切れになっているとかはありますが、とくにディスクやパーティションそのものには問題はないと思います。
みなさんのところでは、同様の事態はおきてませんか？
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$ LANG=C sudo fdisk -l /dev/sda

Disk /dev/sda: 250.1 GB, 250059350016 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 30401 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
Disk identifier: 0x31653164

   Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
/dev/sda1   *           1        2089    16779861    7  HPFS/NTFS
/dev/sda2            2090        7416    42789127+   f  W95 Ext'd (LBA)
/dev/sda3            7417       30401   184627012+  83  Linux
/dev/sda5            2090        3133     8385898+   7  HPFS/NTFS
/dev/sda6            3134        3382     2000061   82  Linux swap / Solaris
/dev/sda7            3383        7416    32403073+  83  Linux
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