101キーボードでのかな入力は少数派だというのは自覚しています。
/usr/share/ibus-anthy/engine/tables.py
における
    kana_typing_rule = {
のなかで
    u"=" : u"へ",
    u"[" : u"゛",
    u"]" : u"゜",
    u"'" : u"け",
    u"\\" : u"む",
    u"`" : u"ろ",
#    u"\"" : u"ふ",
    u"^" : u"ぉ",
    u"&" : u"ゃ",
    u"*" : u"ゅ",
    u"(" : u"ょ",
    u")" : u"を",
#    u"=" : u"ほ",
    u"_" : u"ー",
#    u"`" : u"゛",
    u":" : u"れ",
#    u"*" : u"ヶ",
#    u"_" : u"ろ",
以上の部分とkana_voiced_consonant_ruleの濁点、半濁点のところを変更する必要がありますね。