こんにちは
おっしゃっている意味がちょっと分からないのですが、コンピュータを利用するときに、username,passwordでログオンしていると、/home/username2以下のディレクトリはそのusername2でログオンしないと見られないので、パスワードがかかっているのと同じではないでしょうか。ディスクトップは/home/username2以下につくられますので、見られません。

ubuntuを起動したときに、自動でディスクトップが表示される(オートログオン機能を利用)と、userが１つしかないので、別のパスワードでの保護が必要ですが、オートログオンをやめて、きちんと使う人をuserに設定すれば、大丈夫だと思います。

上の話が質問と違っていたらごめんなさい。

作業経過です。

フォルダ（中の製作途中のデータ等）をUSBメモリで持ち出す、ということで
セキュリティの心配があったので何かよい方法があればと探していましたが、

「書庫の作成」として、オプションで暗号化出来るのを見つけました。
これで作成したフォルダなら、展開する際に設定したパスワードを入力しないとならない（知らない人は開けない）ように出来ますので、とりあえずは利用出来る目処が立ちました。

それとnnit1nvan01ivさまに教えて頂いたTrueCryptをsynapticで探し、インストールしてみました。

どうやら、ライセンス等の関係で「インストーラ」のみ？導入されたようで、ソフトはそれに従い、配布サイトからダウンロード・インストールしないといけないようです。

で、配布サイトよりubuntu用をダウンロード→展開 すると、実行ファイル？があり、ダブルクリックすると
「実行可能な・・・」と出たので「実行」をクリック。

注意書きか何かが出たので続行して行くと、インストーラの画面となりましたが、肝心の「インストール」の
ボタンが効かなくてインストール出来ませんでした。

なので、こちらは現在そのままとなっています。

あとfunatogawaさまのおっしゃっている事も了解しています。

PCのユーザーの権限は、ログインしているユーザーの/home以外のディレクトリは見れない、
つまり、使用しているユーザーへのログインを自動ログインとしていなければ、ユーザー名とパスワードが必要だし、それを知らなければログイン出来ないし、フォルダ内の内容も見れない、ということを言われているのだと思います。

私のPCは持ち出す事も多いですので、勿論自動ログインはoffしています。でも、ありがとうございます。

funatogawaさま、ありがとうございます。

ただ、ubuntu機では問題ないですが、Win機（XP)での圧縮フォルダ暗号化には若干の難があることがわかり、
引き続きTrueCrypt他、情報収集の途中です。

USBメモリー紛失などによる情報漏えいの対策は、やはり必要なことなので、色々見たいと思います。