Ext3からコンバートしたExt4は良くは無いらしいので別の方法を取ってみました。
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=43831#p43831

現在のシステムを新規にExt4でフォーマットしたパーティションにコピーします。
試した環境は　
sda1=Windows XP,  sda2=Ubuntu 9.10(Ext3)   
MBR=MBM
     |---- boot.ini
              |
              |---- XP
              |---- grub4dos
                       |
                       |---- grub2(sda2)
                               |

最初にgrub2の導入が必須の環境でしたのでgrub2を/dev/sda2にインストール。
Gpartedを使用して/dev/sda5にExt4を用意しました。

ライブCD等でコピー元のシステム以外のUbuntuを起動します

$ mkdir newsys
$ sudo mount /dev/sda2 /mnt
$ sudo mount /dev/sda5 ./newsys
$ sudo cp -dpR /mnt/* ./newsys
$ sudo cp -dp /mnt/* ./newsys
$ sudo umount /dev/sda2
$ sudo umount /dev/sda5

$ sudo cp -dpR /mnt/* ./newsys　はかなり２～３時間以上かかります。
私は一つずつコピーを行い　時間の掛かる(30分～1時間以上)home,usr,varは端末を３つ立ち上げて同時進行で行ないました。
（端末４つはPCのスペックが足りなかったです）

再起動してgrub2を起動、エディットモードで/boot とkernelの場所を/dev/sda5 に書き換えて起動。
起動途中でエラーがでてしまった、、、

確認する為にもう一度再起動、同じくエディットモードで変更を行なった際にカーネルオプションのquiet splash を削除する。
さて何処で止まるかと見ていたらそのまま起動してしまいました？？？

後はgrub2を/dev/sda5にセットしてExt3のパーティションに引越しですが暫くこのまま使用感を試してみます。