ごめんなさい、少し補足します。
xset m 1 1
は以下のURLに書いてあるマウスの設定です。
http://www.atmarkit.co.jp/flinux/rensai/linuxtips/202mpointerset.html
この設定はXを再起動すると消えるので、ログイン時に毎回実行する必要があります。
~/.xinitrcに書き込むと上記のURLに書いてありますが、ちょっと今試してみます。

こんばんは
システム→設定→マウスでマウスのプロパティが表示されますので、感度やダブルクリックの間隔などを設定して、閉じるを押すのでは駄目ですか。

ご回答ありがとうございます。
GUIからでは加速なしにはできないようなんです。
細かい話で恐縮ですが、カーソルを画面端から画面端まで動かすときに、マウスを速く動かした場合と遅く動かした場合で
マウスの移動距離に明らかな差が出た場合は加速ありということになります。
8.04LTSと9.xxとではマウスの設定のスライダーの振る舞いが違うようで、9.xxではスライダーを最左にすると一見加速はない感じもしますが
よく観察してみると加速があると思います。
8.04LTSではスライダーを最左にした場合は加速が1以下になるようで、あるしきい値を超えた速さでマウスを動かすと、カーソルの動きが逆に小さくなります。

以上の話は私個人がねちっこく気にしているだけなので、こんな話題を他人に振るのは申し訳ないと思っていますが。
ホームフォルダに.xinitrcを作るのは今日帰宅してからやってみたいと思います。
ありがとうございました。

本来GNOMEのキーボード設定から行える設定と、xsetから行うものとマウスの設定から行うのは等しいはずなのですが（だと思う）、なにか設定が反映されない問題があるのかもしれません（最低値より下があってGUIから設定できないとか）。

最初に実験してみてから考えてみたいと思います。

・cp /etc/X11/xinit/xinitrc ~/.xinitrcしてxinitrcを作った上で、
・この.xinitrcにxsetを記述して、　
・sudo service gdm stopして（実行した瞬間にGUIが落ちます）、
・コンソールログイン状態でログインし、
・startx

とかするとどうなるでしょう。

誰も教えてくれないので残念に思いましたが、自己解決することができました。
一応書いておくことにします。
xsetを自動で実行する方法は結局できませんでした。
ホームフォルダの.bashrcにxsetを書き込み、端末を起動するとxsetが適用されたので、.profileや.bashrcに書き込めば実行されているのはわかりました。
しかし.profileに書き込んでもログイン後にきちんと適用されないので、原因は.profileの設定が適用されたあとにGUIからの設定が上書きされているからだと考えました。
これはそう簡単に解決できる問題ではないので、諦めることにしました。

次に、GUIでの設定がホームフォルダのどこかに必ずあると考え探してみたところ、
/home/ユーザー名/.gconf/desktop/gnome/peripherals/mouse/%gconf.xml
が該当の設定ファイルでした。
そのファイルに書かれている以下の2項目

<entry name="motion_threshold" mtime="1258784004" type="int" value="100">
</entry>
<entry name="motion_acceleration" mtime="1258785509" type="float" value="1.0">
</entry>

この設定がそれぞれしきい値、加速の設定です。
マウス加速をなくすには加速を1.0に変更してやればよく、その場合しきい値は意味のない値になります。
（マウスの移動がしきい値以下の場合加速は1倍、しきい値を超えたときの加速を1.0にすれば加速はマウスの移動量に関わらず1倍）
上記の設定を書き込んだあと再ログインすれば設定が適用されます。
それ以降はGUIからマウス設定のスライダーをいじらなければ加速がオフのままになります。
以上です。