某 mixi の Ubuntu Linux コミュに似たような投稿があります (多分ご本人と思われ)
http://mixi.jp/view_bbs.pl?id=39864486&comment_count=993&comm_id=147254

これの直後に回答も投稿されています
引用はしませんが、この回答と同様に、特別な事情が無い限りは、デストリビューターによって公認されたパッケージを使用するのが適切だと考えます

やはりメンテナンスの手間が省けることが大きな理由です
長期にわたって安定したメンテナンスが実施される見込みが高いという安心感もあります
また導入時の試行錯誤 (コンパイル時のパラメーターの調整など) をしなくても良いことも理由のひとつに挙げられます
(PPA のパッケージは、メンテナンスの点では若干不安が残るため強く推奨はしかねるが、導入の手間は大きく削減できる)

パッケージが提供されていても、チューニングの都合でそれが利用できないことが希にあるが、こういったときはチューニングをあきらめるか、ソースファイルからコンパイルするかのどちらかでしょう

企業ベースの場合は、運用コストまで含めたコストメリットを比較して決めることになるでしょうから、一概には言えないですね
例えば、メンテナンスの手間を減らしたいなら、素直にデストリビューターから提供されるパッケージを使うことになるでしょうし、手間をかけてでも最新のセキュリティパッチを追いかけて迅速に脆弱性対策を行うのであれば、ソースファイルからコンパイルすることになるでしょう