karmic からソフトウェアセンターがデフォルトになってしまったので、まぁ仕方がないですよね。
私もどちらかと言うと、アプリケーションの追加と削除の方が好きですね。
と言いつつ、でも、私は普段どちらも使っていないのですが・・・。
システムを入れ直す機会が多いのであれば、9.10 のクリーンインストール直後に必要なアプリの追加 & 削除をして、自分にとってベストな状態を remastersys などを使って保存しておくといいと思います。