基本的には、そのような方法は無いのではないかと思います。
少なくとも依存関係で能動的に削除選択したパッケージ以外のパッケージが消されるとき、パッケージ名やパッケージの説明から、それを削除してしまっても自分が困らないか判断できるだけの勘と知識が必要になるかと思います。
最近のHDDの大容量化はすごいので、初期でインストールされているものを消す必要が生じることはあまりないかと思いますが、どうしても無駄なものを省きたいのであれば、パッケージの説明をよく読み、必要であれば検索するなりして消してもよいかひとつづつ判断することになるかと思います。

誤解を恐れずに言えば、Linux 自体がまだテスト状態だとも言えますが・・・。
hideki999 さんはどういう状態なら本格稼働だと考えているのでしょうか？

なるほどー
でも、あまり構えすぎない方が楽しいですよ。
自分にとってベストな状態なんて、そのときの気分でも変わったりするし。
私はあまりカスタマイズせずほとんどデフォルトのまま使ってるのと、割と気軽に再インストールしちゃう派なので、意見としては参考にならないかも知れませんが･･･。
再インストールする際もあとから入れたアプリの記録など取っていませんし。
プリンタドライバと指紋認証だけは真っ先に入れますが。
自分で入れたのに思い出せないと言うことは、入れたものの自分には無用だったと言うことで諦めます。
もちろん、思い出したときに必要であれば、その都度入れますが。
自分で書くと今更ながらすっごいいい加減だなぁ･･･。

とりあえず、基本的なCUI操作ができるようになって(*1)、あとは、sudo, vi, w3m, wget, apt-get or aptitude, dpkgぐらいの操作を覚えておけば、ちょっとぐらいトラブっても復旧できるはずなので、意地でもOS再インストールはするか!ぐらいの気合いでいけば、習熟が一気に進むかと思います。
あと、どうしようもなくなったときの保険に、ブートCDか、ブートUSBメモリーあたりを用意しておけば、なお安心ですね。
頑張って下さい。 :)

(*1)
cd, ls, mkdir, rmdir, cp, mv, cat, less, chmod, chown, export HOGE=FUGA, man
ぐらいを覚えておけば、なにかと便利です。