Macキーボードのコマンドキーは初期状態ではWinキー扱いになっていたはずです。
(Bootcamp時のWindowsと同様)

例えば
システム＞キーボード＞レイアウト＞レイアウトのオプション＞Alt/Windowsキーの挙動
に、Control is mapped to Win keys という項目があり、この設定を行えば
(現在Winキー扱いである)コマンドキーをControlキーとして動作させられそうです。

これでコマンドキーがControlとして動作するようになったら、
システム＞キーボードショートカット＞ポップアップウィンドウを利用して、ウィンドウ間を移動する
のショートカットをAlt＋TabからCtrl＋Tabに変更する、というのも良いかもしれません。