写真の整理は、 f-spotや picasa などの専門アプリを使いますと、Exif情報を読み込んで撮影日時順に整理してくれたりします。

yama様

コメントありがとうございます。Exifデータのないスキャンデータですので、自分でファイル名を付ける、という作業での話です。

もうちょっと調べてみたのですが、大元の条件(名前/サイズ/タイムスタンプ)以外では、あまり調整が出来ないようです。glibの持つファイル名の順序付け用の機能を使用していて、その実装分部のコメントには、「.」と数値分部を特殊扱いするという記述があり、特に数値部分については、

* Numbers are handled by prepending to each number d-1 superdigits
   * where d = number of digits in the number and SUPERDIGIT is a
   * character with an integer value higher than any digit (for instance
   * ':'). This ensures that single-digit numbers are sorted before
   * double-digit numbers which in turn are sorted separately from
   * triple-digit numbers, etc. To avoid strange side-effects when
   * sorting strings that already contain SUPERDIGITs, a '\2'
   * is also prepended, like this
   *
   *   file\21      (file1)
   *   file\25      (file5)
   *   file\2:10    (file10)
   *   file\2:26    (file26)
   *   file\2::100  (file100)
   *   file:foo     (file:foo)
   *
   * This has the side-effect of sorting numbers before everything else (except
   * dots), but this is probably OK.
   *
   * Leading digits are ignored when doing the above. To discriminate
   * numbers which differ only in the number of leading digits, we append
   * the number of leading digits as a byte at the very end of the collation
   * key.

と、書かれてました。と、すると、おそらく、
951001_hogehoge.jpg を、95-10-01_hogehoge.jpg のように、年月日をあらかじめ区切っておくことで、１つの数値として認識されてしまうのを防ぐぐらいしか手は無さそうです。
# 切り替え(カスタマイズ)は出来なさそう。