私の環境(Ubuntu9.10&Uim＆VYM 1.12.2)でもなりますね。

質問なんですが、
HIPPO さんはどの(iBus,scim,uim)IMを使っていますか。

scim-bridge でもなります。
やっぱりバグっぽいですね‥・。
私は XMind と言うのを使ってますが、とにかく直感的に使えて分かりやすいですよ。
メニューなども日本語化されているので、とても使いやすいです。
あ、でも、あんまし使いこなしてる訳ぢゃないので、ツッコミは禁止の方向で。
下記から deb パッケージをダウンロード出来ます。
http://www.xmind.net/downloads/
もちろん、他のアプリケーションでの入力の不具合はありません。

私もVymには0.8のころから大変お世話になっております。残念ながら、日本語入力中にご指摘の異常がおこります。また、しばらく操作するとなぜかウインドウの操作ができなくなり、閉じると一旦画面全体が暗くなって画面がもどるようです。スリープに入っていた？ような挙動です。使い勝手がいいソフトだけに歯がゆい思いです。
さて、Xmind教えていただきありがとうございます。早速インストールしてみます。なお、ネット上のサイトですがmind42.comというのもあります。常時接続環境に置いては使えるんじゃないかなと。ご参考までに。