こちらでJDをインストールしてみたところ普通に起動しました。
エラーメッセージはなにかしらかのリソース周りに異常が発生していると読めるような気もしますが、詳しいことは私には判りません。
私のようにJD自体をクリーンインストールしたのではなく、Upgradeしたとのことなので、~/.jdを別名に変更して、jdを起動してみたら動いたりしませんでしょうか。

ダメでしたか。では、

find ~ -name \*jd\*

して、他に設定ファイルっぽいものが無いか確認してみてもらえますか(自分の環境で見た範囲では無さそうですが。。)。

また、

ldd `which jd`

して、足りないライブラリなどが無いか確認してみて下さい。
synapticからインストールしたのであれば、通常、足りないはずは無いのですが念のため。

#6のhmatsueさん
え？ GNOMEじゃなくて、Gnome Global Menuのことですよね。

#1のnosadaさん
Gnome Global Menuを使ってませんか？

すみません、こちらを確認するのを忘れておりました。

hmatsue による投稿:

ダメでしたか。では、

コード:

find ~ -name \*jd\*

して、他に設定ファイルっぽいものが無いか確認してみてもらえますか(自分の環境で見た範囲では無さそうですが。。)。

また、

コード:

ldd `which jd`

して、足りないライブラリなどが無いか確認してみて下さい。
synapticからインストールしたのであれば、通常、足りないはずは無いのですが念のため。

まず「find ~ -name \*jd\*」を実行してみたところ、以下のようになりました。(~はユーザ名です)
~/.jd
~/.jd/jd.conf.bkup
~/.local/share/Trash/info/jd.conf.bkup.trashinfo
~/.local/share/Trash/info/.jdo.trashinfo
~/.local/share/Trash/info/jd.2.conf.bkup.trashinfo
~/.local/share/Trash/info/jd.desktop.trashinfo
このうち、/home/~/.jd以下のものは「~/.jdを別名に変更して」という操作をすでにしたので、~/.local/share/Trash/info以下のものをリネームして起動を試みたところ、起動しませんでした。
また、「ldd `which jd`」を実行してみたところ、特に異常は見当たりませんでした。

また、gnome Grobal Menu を外して見ましたが、相変わらず起動はしませんでした。
今からデスクトップ環境をgnomeからKDE環境に変更してみたいとおもいます。

>hmatsueさん
一応KDEに移行する前にgnome Grobal Menuを外して再起動をかけたのですが、やはりというかなんというか、起動しませんでした。
現在はKDE環境に移行してJDの起動も確認したので、しばらくこのまま使ってみたいと思います。
ご教授の程有難うございました。
またお世話になる機会があればよろしくお願いします。

あと、見落としていましたが、~/.local/share/Trash以下のファイルはゴミ箱管理エリアなので基本的には手動で操作するべきではないところです。不整合を起こすといけないので、端末を立ち上げ
ls -al ~/.local/share/Trash/files
と入力して、必要なファイルが残っていないか確認し、不要なものしかなければ、
rm -r ~/.local/share/Trash/files/[消すファイル名]
rm -r ~/.local/share/Trash/info/[消すファイル名]
として対応するファイルをすべて消しておいて下さい。

例：
rm -r ~/.local/share/Trash/files/jd*
rm -r ~/.local/share/Trash/files/.jd*
rm -r ~/.local/share/Trash/info/jd*
rm -r ~/.local/share/Trash/info/.jd*