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レスありがとうございます。

どちらのパターンも上手くいきませんでした。
色々と試してみたのですが、どうやら実行ファイルと見なしてくれない？？？

eclipse

なのですが、いくつか種類があって、何もオマケの付いていない素のプログラムとPHP機能を組み込んだ eclipse があります。
ランチャのダイアログのコマンド欄には「/home/xxx/eclipse/eclipse」と登録しました。

それで、後者の　PHP機能のある eclipse を解凍して使用しています。

組み込んだフォルダは /home/xxxx/eclipse (xxxはユーザＩＤ） です。

通常の起動は場所メニュー→ホーム・フォルダを開いて　eclipse フォルダをカレントにして eclipse をダブルクリックすると起動します。

それで以下のように試してみました。

1.端末起動(xxxがカレントになる）
2.cd eclipse
3.eclipse
  ここで、以下のエラーが表示されます。
　「プログラム 'eclipse’　はまだインストールされていません。次のように入力することでインストールできます。」
　「sudo apt-get install eclipse-platform」
4.それで上記のように入力すると今度はオリジナルの素のeclipse がインストールされてしまいます。
5.この状態でインストールされたメニューの内容をみると
　　　　コマンドの欄が「eclipse」となっていました。
6.メニューの「eclipse」を選択すると、素のeclipse(PHP無し）が起動します。
7.それで上記の素のeclipse をアンインストールしました。

どの辺がおかしいのでしょうか？

それで以下のように試してみました。

1.端末起動(xxxがカレントになる）
2.cd eclipse
3.eclipse
  ここで、以下のエラーが表示されます。
　「プログラム 'eclipse’　はまだインストールされていません。次のように入力することでインストールできます。」
　「sudo apt-get install eclipse-platform」
4.それで上記のように入力すると今度はオリジナルの素のeclipse がインストールされてしまいます。
5.この状態でインストールされたメニューの内容をみると
　　　　コマンドの欄が「eclipse」となっていました。
6.メニューの「eclipse」を選択すると、素のeclipse(PHP無し）が起動します。
7.それで上記の素のeclipse をアンインストールしました。

どの辺がおかしいのでしょうか？

3 です。
通常パスが通っている場合のみファイル名のみでOKですが圧縮ファイルを手動でで解答しているのでフルパスでしていしなければいけません。

誤
$ eclipse

正
(xxxがカレントの場合）
$ ./eclipse

(xxxがカレントで有る無し関係なく）
$ /home/xxxx/eclipse/eclipse
----------------------------------------------------------------
$ $HOME/eclpse/eclipce    $HOME は/home/xxxxと同じ意。xxxの部分はログインユーザーの名前が入ります。

（パスを通すべきかどうかは判断が付きません。将来的に混乱が起こるかも。で保留）

どちらのパターンも上手くいきませんでした。
色々と試してみたのですが、どうやら実行ファイルと見なしてくれない？？？

メニューに登録出来ないのが謎ですが、メニュー登録のウィンドウが開かないと言うことでしょうか？

ランチャーの方は$HOME/eclipseを開き、eclipse本体を上部パネルにドラッグ＆ドロップでランチャーが生成のダイアログがでます。
コマンド欄は記入済みなので名前を付けてください。そしてアイコンの指定。

後は生成されたランチャーに対しての移動や右クリックは本体と違う挙動で希望の動作になるかと思います。

レスありがとうございます。

３の段階で
./eclipse
と入力したら動きました。

ただ相変わらずメニューからは起動できません。
登録時のコマンド欄には「home/neko/eclipse/eclipse」と入れてあるのですが・・

それで以下のような実験をしてみました。
端末を起動して
home/neko/eclipse/eclipse
と入力すると
Error opening zip file or JAR manifest missing : plugins/jp.sourceforge.mergedoc.pleiades/pleiades.jar
Error occurred during initialization of VM
agent library failed to init: instrument
と表示されます。（この意味が分かれば？）

ただ以下のように続けて端末で入力するとなぜか起動してしまいます。

1. /home/neko/eclipse/eclipse (つまりメニュー登録のコマンドとまったく同じ文字列）
2. 上記のエラーが表示されて起動しない
3. cd eclipse
4. ./eclipse
5. 上記コマンド入力でソフトが起動するのでソフトを終了
6. /home/neko/eclipse/eclipse (つまりメニュー登録のコマンドとまったく同じ文字列）
7. 起動してしまう

私には何が何やら見当すらつきません。

すみませんがこれで何かわかりませんか？

'/'は無ければ別の警告が出るので違いますね。
フォルダとファイルが見つからないエラーですがダウンロードして確認した所、入っていませんでした。
調べると日本語化のフォルダ＆ファイルの様ですが心当たりは有るでしょうか？

問題は端末から
~$ cd eclipse
~$ ./eclipse
が有効なのに、ランチャーのコマンドラインから
/home/neko/eclipse/eclipse
が通らない？と言うことですよね。その後何か進展はありましたでしょうか。

eclipse本体を上部パネルにドロップして出来たランチャーを起動してみてください。
コマンドは自動で書き込まれているのですが、どうでしょうか。

レスありがとうございます。

vine_user さんの手順で無事メニューから起動できるようになりました。
丁度、eclipse+PDT の障害でマウスクリックが効かないという対応のために（eclipse本体の起動前に)
ある処理を実行する必要があるためスクリプトを作って実験していた最中でしたのでタイムリーな回答でした。

しかも、Windows(MS-DOS）しか知らないのでシェルスクリプト＝バッチくらいのイメージしかないので
実行権限を与えるという部分を知らなくて四苦八苦して数時間無駄に過ごしていただけに助かりました。

これで解決しました。
皆さんありがとうございました。