.emacs.elに以下のように記述しています。


(if window-system (progn
  ;; 文字の色を設定します。
  (set-foreground-color  "white")
  ;; 背景色を設定します。
  (set-background-color  "black")
  ;; カーソルの色を設定します。
  (set-cursor-color  "SlateBlue2")
  ;; マウスポインタの色を設定します。
  (set-mouse-color  "SlateBlue2")
  ;; モードラインの文字の色を設定します。
  (set-face-foreground 'modeline "green")
  ;; モードラインの背景色を設定します。
  (set-face-background 'modeline "black")
  ;; 選択中のリージョンの色を設定します。
  (set-face-background 'region "LightSteelBlue1")
  ;; モードライン（アクティブでないバッファ）の文字色を設定します。
  (set-face-foreground 'mode-line-inactive "green20")
  ;; モードライン（アクティブでないバッファ）の背景色を設定します。
  (set-face-background 'mode-line-inactive "green85")
))

;; デフォルトの透明度を設定する (85%)
(add-to-list 'default-frame-alist '(alpha . 85))

;; カレントウィンドウの透明度を変更する (85%)
;; (set-frame-parameter nil 'alpha 0.85)
(set-frame-parameter nil 'alpha 100)



(if window-system (progn

(set-face-foreground 'font-lock-comment-face "MediumSeaGreen")
(set-face-foreground 'font-lock-string-face  "green")
(set-face-foreground 'font-lock-keyword-face "white")
(set-face-foreground 'font-lock-function-name-face "blue")
(set-face-bold-p 'font-lock-function-name-face t)
(set-face-foreground 'font-lock-variable-name-face "green30")
(set-face-foreground 'font-lock-type-face "LightSeaGreen")
(set-face-foreground 'font-lock-builtin-face "blue")
(set-face-foreground 'font-lock-constant-face "green80")
(set-face-foreground 'font-lock-warning-face "blue")
(set-face-bold-p 'font-lock-warning-face nil)

))

; 日本語をデフォルトにする。
(set-language-environment "Japanese")
; anthy.el をロードできるようにする (必要に応じて)。
(push "/usr/local/share/emacs/site-lisp/anthy/" load-path)
; anthy.el をロードする。
(load-library "anthy")
; japanese-anthy をデフォルトの input-method にする。
(setq default-input-method "japanese-anthy")


(cond ((string-match "^22\." emacs-version)
       (cond (window-system
              (set-default-font "-*-fixed-medium-r-normal--18-*-*-*-*-*-*-*")
              (progn
                (set-face-font 'default "-shinonome-gothic-medium-r-normal--18-*-*-*-*-*-*-*")
                (set-face-font 'bold "-shinonome-gothic-bold-r-normal--18-*-*-*-*-*-*-*")
                (set-face-font 'italic "-shinonome-gothic-medium-i-normal--18-*-*-*-*-*-*-*")
                (set-face-font 'bold-italic "-shinonome-gothic-bold-i-normal--18-*-*-*-*-*-*-*"))))))

この状態でプログラムを書いて実行すると文字化けがひどいことになります。
どうしたらいいでしょうか。
いろいろ調べてみましたが、うまくいきません。