助言を得るためには情報が不足です。
マザーボードは何ですか、それともPCのメーカー名は?

それからATIのサポートは、私も使っていますがNVIDIAと比べ、新しいOSへの対応が遅いです。
貴君の利用されているradeon9600は、比較的古く熟れているものです。
普通なら、何も考えなくても動作するはずです。やはりUbuntu9.10対応への遅れが要因のようです。
しばらくすれば、メーカが対応してくれると思います。無償なのですから、焦らないで待ちましょう。

このフォーラムには情報がたくさん提供されています。
こちらに、Ubuntu9.10に関することが述べられています。
真ん中あたりの項目にに、「古いATIグラフィックカードで画面が崩れます」に説明があります。
https://wiki.ubuntu.com/KarmicKoala/ReleaseNotes/ja
元の情報はこちらです。
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+sour … bug/426582
xorg.confの設定については、petitbootangさんが述べられています。
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic … 435#p47435

koisan1949 による投稿:

それからATIのサポートは、私も使っていますがNVIDIAと比べ、新しいOSへの対応が遅いです。
貴君の利用されているradeon9600は、比較的古く熟れているものです。
普通なら、何も考えなくても動作するはずです。やはりUbuntu9.10対応への遅れが要因のようです。
しばらくすれば、メーカが対応してくれると思います。無償なのですから、焦らないで待ちましょう。

メーカの対応の遅れではなく、2009年3月時点で、AMD/ATIのプロプライエタリドライバによるRadeon 9600のサポートは打ち切られています。
http://support.amd.com/us/gpudownload/linux/Legacy/Pages/radeon_linux.aspx?type=2.4.1&product=2.4.1.3.24&lang=English

また、以下のページによれば、
https://help.ubuntu.com/community/RadeonDriver#Accelerated%203D%20support%20%28r300,%20r400%20and%20r500%20series%29
Radeon 9600はUbuntu 9.10に何も追加しなくても視覚効果が使えるように見えます。

bontama による投稿:

確かにそうですね、最新がよいかなと9.10を入れましたが、9.04で視覚効果自体は動いているので
当分そちらで使用していこうと思います。

Ubuntu 9.04でプロプライエタリドライバを使用していて、そのまま9.10にアップグレードしてしまうと、視覚効果が使えないかもしれません。
一度Ubuntu 9.10をLiveCDで起動してみて、本当に視覚効果が使えないのか確認してみるのもいいでしょう。

pores_nさん回答ありがとうございます。

LiveCDで起動して確認してみましたが、Radeon9600ではデスクトップ効果を有効にできませんでした。
すみませんが、9.04では視覚効果ありで動きますが、ハードウェア・ドライバでは何も表示されません。
また、ATIから落としたドライバもインストールできませんが、視覚効果だけは動いています。
xorg-driver-fglrxを入れると、ログイン画面が上手く表示できずに起動できませんので、入れないで使用しています。