http://gtkpod.wikispaces.com/Supported+iPods#TouchG1　公式サイトでは最新型のipod touchはサポートされてないようですが...。

そうでしたか。ありがとうございます。
では、UbuntuでiPod touch 8GB Late 2009（2G）に対応しているiTunesのようなソフトはありますでしょうか。
WineでiTunesを起動する以外の方法でお願いします。

ありがとうございます。しかし、ipod-read-sysinfo-extendedの部分で、次のようなエラーが発生しました。

Couldn't read xml sysinfo from シリアルID

iFuseの調子が悪いのかと思い、SSHでも試して見ましたが、結果は同じでした。

検索しても「Couldn't read xml sysinfo from ～」に関する記述がほとんど無く、エラーの再現もできずにいます。

以下、あまり期待できませんが…

1.パッケージがインストールされているか
gvfs gvfs-backends gvfs-bin gvfs-fuse libgvfscommon0 ifuse libgpod-dev libgpod-common libiphone-utils libiphone0 python-iphone libplist++1 libplist-utils python-plist libusb-1.0-0 libusb-1.0-0-dev libusbmuxd1 usbmuxd

2.ipod-read-sysinfo-extendedを管理者権限で実行してみる

3.システムをアップデートする

これくらいの助言しかできず、すみません

http://d.hatena.ne.jp/pochio_pochiyama/20091228/1261982316を参考に試してみたら自動的に認識しました。
おまけにRhythmboxまで認識するようになりました。
アドバイスをくださった、vbkさんとlluvia friaさん、ありがとうございます。

しかし、曲を入れてもiPodに認識されません。
どうすればいいのでしょうか。よろしくお願いします。

連続投稿申し訳ありません。
iPod touchを復元してきました。そして、gtkpodでiPodをロードしようとしたところ、#11と同じエラーが発生しました。
そこで、rootユーザーになって試してみたところ、上記のエラーは発生しなくなりましたが、次のエラーが発生するようになりました。

iPod からのデータベースの読み込みに失敗しました。
iPod Database Import Failed.

どうすればいいのでしょうか。よろしくお願いします。

追記。
#10のリンクでは「/mnt/iPhone」となっているので、そのまま打ったのであれば、gtkpodの設定は「/var/mobile/Media/」ではなく「/mnt/iPhone/」となります。
音楽は主に「iTunes_Control/Music/F○○」にダウンロードされると思います。(データベースにも情報がかかれるため、直接入れてもダメです)
音楽のフォーマットが対応していないのかも。対応しているフォーマットはAppleのページにあります。
http://support.apple.com/kb/HT1334?viewlocale=ja_JP

今回の問題は、iFuseをUbuntuの公式リポジトリや公式サイトに書いてあるレポジトリを手動で入力したことに原因があるようでした。
Ubuntuを再インストールした時などのために、私がした作業をまとめておきます。
http://d.hatena.ne.jp/pochio_pochiyama/20091228/1261982316を参考にiFuseをインストール
↓
libusbmuxd1 usbmuxdが依存関係の問題でインストールできなかった。
↓
再起動すると私の環境では自動的にマウントされるようになった。
↓
gtkpodの設定で、マウントポイントを~/.gvfs/（iPodの名前）に設定する。