DeVeDeは操作方法も分からないので、関係なかったらすみません。
mpeg4を単体でisoに変換した報告です。
Ubuntu 9.10 です。

$ sudo apt-get install devede
以下の１１のパッケージがインストールされました。
devede dvdauthor libavformat-extra-52 liblzo2-2 libopenal1
  libpostproc-extra-51 libsvga1 libswscale-extra-0 mencoder mplayer-nogui
  vcdimager

バージョンはDeVeDe 3.14.0です。

起動して「Video DVD」を選択、ウィンドウが開きました。

右側の「Files」で「追加」を選択。

新しいウィンドウが開き上段の「Faile」に用意したサンプルのmpeg4、240KBを指定しました。
「Video Format」は「PAL/SECAM」が選択されています。

「OK」で最初のウィンドウにサンプルmpeg4が選択されています。「OK」を押します。
ダイアログも「OK」で進むとisoファイルの作成が始まりました。

/home/movie にisoファイルが出来ています。
VLC、標準の動画プレーヤーで再生されます、メニュー付きでサイズは4.7MBになっていました。


これは、検証として正しいでしょうか？
もしかしたら、インデックスから「デスクトップ向けソフトウェア」に投稿されると識者の方の目に止まりやすいかもしれません。

皆さん、情報ありがとうございました。

devedeの操作内容は、基本的にhir0さんが行われたものと同じです。自分との違いは、ファイルが10個に、また各ファイルのサイズが300～500MBと大きいことだけです。

hir0さんのインストール時にdevde本体以外にいくつかパッケージがインストールされているようですが、試しにsynapticで検索してみたことろ、当方ではインストール
されていないパッケージがいくつかありました。

これは、インストールが上手く完了していない、と推測し、一度アンインストールを行い、今度はhir0さん同様、ターミナルのコマンドラインでインストールを行いました。
（最初のインストールは、ubuntuソフトウェアセンターで実施していました）

...が、結果として、動作に変わりは無く、mp4ファイルは上手くmpgファイルに変換されない状況には変わりはありませんでした。
作成されるmpgファイルは、数十kB～数十MB程度と小さく、明らかに変換途中で停止しているように見えます。

いつかdevedeのバージョンが上がったときにこの問題が解消されることを期待して、しばらくは8.04上で使用することにします。

si による投稿:

＊ http://packages.medibuntu.org karmic/non-free libswscale-extra-0 4:0.5+svn20090706-2ubuntu3+medibuntu1 [118kB]
動画編集、変換する場合、標準のパッケージでは機能が不足することが多いので、medibuntuリポジトリを追加するのが、一般的です。

ソフトウェア・ソースの画面で確認してみたところ、medibuntuリポジトリは追加されていました。
まだ他に何か不足分でもあるのかな？とも思えます。

siさん、ご教授ありがとうございます。

mpeg4ip-utils をインストールして、一纏めにしたい10個のmp4ファイルについて調べてみました。
41.mp4～50.mp4という名前にしてあります。結果は以下のとおりでした。

41.mp4
Track    Type    Info
1    video    H264 High@4, 1469.926 secs, 1351 kbps, 1280x720 @ 23.976717 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.037 secs, 160 kbps, 48000 Hz

42.mp4
Track    Type    Info
1    video    H264 [email protected], 1469.926 secs, 1590 kbps, 1280x720 @ 23.976717 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.016 secs, 193 kbps, 48000 Hz

43.mp4
Track    Type    Info
1    video    H264 [email protected], 1469.926 secs, 1859 kbps, 1280x720 @ 23.976717 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.016 secs, 200 kbps, 48000 Hz

44.mp4
Track    Type    Info
1    video    H264 [email protected], 1469.926 secs, 1620 kbps, 1280x720 @ 23.976717 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.016 secs, 194 kbps, 48000 Hz

45.mp4
Track    Type    Info
1    video    H264 [email protected], 1469.885 secs, 2510 kbps, 1280x720 @ 23.977386 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.144 secs, 192 kbps, 48000 Hz

46.mp4:
Track    Type    Info
1    video    H264 [email protected], 1469.926 secs, 2274 kbps, 1280x720 @ 23.976717 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.056 secs, 192 kbps, 48000 Hz

47.mp4:
Track    Type    Info
1    video    H264 High@4, 1469.926 secs, 1483 kbps, 1280x720 @ 23.976717 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.058 secs, 160 kbps, 48000 Hz

48.mp4:
Track    Type    Info
1    video    H264 [email protected], 1469.926 secs, 3157 kbps, 1280x720 @ 23.976717 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.058 secs, 210 kbps, 48000 Hz

49.mp4:
Track    Type    Info
1    video    H264 High@4, 1469.926 secs, 1785 kbps, 1280x720 @ 23.976717 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.037 secs, 160 kbps, 48000 Hz

50.mp4
Track    Type    Info
1    video    H264 [email protected], 1469.926 secs, 2955 kbps, 1280x720 @ 23.976717 fps
2    audio    MPEG-4 AAC LC, 1470.056 secs, 272 kbps, 48000 Hz

映像コンテナフォーマットについてあまり知識がないのですが、10個のファイルはいずれも画像、音声のフォーマットは同一と思われます。

devedeのAdvanced Optionにて、「Erase temporary files」のチェックを外しておくと、各ファイルのmp4→mpg変換の結果が
残るため、変換の結果が分かります。
上記10個のファイルのうち、45.mp4、46.mp4、および50.mp4はmpgへの変換が上手くできており、VLCでも見ることができました。
H264とかいう関連のライブラリは下名の9.10には入っているようです。
他の7個のファイルは、変換が最後まで行われず、途中で止まってしまっています。

mpeg4ip-utilsの結果の傾向と、変換成功可否の傾向を見ると、「H264 High」の後の「@（アットマーク）」の数字が
4未満の場合はmpgへの変換が成功し、４以上の場合は失敗しているように見えます。

その理由が、9.10のどの部分（H264のコーデック？）に関連して、devdeが不都合を起こしているかは、よくわかりません。
何か、コーデックが関係しているような気はしますが。
（同じコーデックでも8.04LTSのものと9.10のものでバージョンが違うとか、それぞれコーデックの種類が違うとか）

未だ 未解決？みたいですが・・・
実は 私も 昨日 同じ現象に見舞われましたので投稿します。
検証回数は、少ないのですが ９．０４で ４回して 全てエラー無く ISOが作成されましたが、今回 kitsunezukaさんと 同じく mp4ファイルらから ISOを作成しようとしましたが・・エラーのダイナログがでて ISOの作成に失敗でした。
　　こちらのスレッドを見るまでは、今までの成功例はAVIファイルからISOの作成に成功してましたが 今回 初めて mp4ファイルを使用したことが原因かと思いましが・・アプリの問題の可能性があるのかも？です。

投稿者のkitsunezukaです。

先日、Ubuntuを9.10から10.04にアップグレードしました。

DeVeDeのバージョンが、3.16.8に上がっていました。

このバージョンを用いて、複数のmp4ファイル（上述したファイルではありませんが）をまとめ
DVD用のISOファイルを作成したところ、なぜか問題なくISOファイルが作成されました。
mp4からmpgへの変換も、問題なく行われていました。

問題なく作成できるようになった原因が、DeVeDeのバージョンアップによるものか、
Ubuntuのアップグレードによるものか、下名の技量ではわかりませんが
9.10にてDeVeDeによるmp4ファイルの取り扱いに問題があった方は、
Ubuntuを10.04にアップグレードしてみるのも、一方策ではないかと思います。

以上、ご報告として投稿いたします。