hdparm で行ないますが、外付けはUSBですかね。
試した事がないので、USB外付けでうまく動くかはわかりません＞＜

hito による投稿:

必要に応じて、
sudo sdparm --command=stop /dev/sd?
で止まらないでしょうか？

自動でやる場合はACPIのイベントトリガで常駐する何かを作ることになるかと思いますが、任意で止めるので良ければこれで大丈夫かと思います（「取り出し」を選択しておくだけでも止まるようになっているハズ）。

sudo sdparm --command=stop /dev/sdb
と打って正常にコマンドが終了しましたが、一瞬止まってすぐに電源が入ってしまいます。
sdbへアクセスしているアプリケーションがあるのでしょうか？

ドライブの安全な取り出しで電源を切った場合、
USBケーブルを抜き差ししなければ認識されないのでしょうか？