端末で $ tomboy で起動した時の様な状態を望んでおられる気がしていますが、"毎回勝手に開かれる"のはどんなウインドウでしょうか。（検索、ノートなど）

メニューのTomboyに登録されているコマンドは、tomboy --search で検索ウインドウが開くオプション付きになっています。（Dockのプラグインが同様な気がします。）
Dockのプラグインを使用しないで、オプションなしのtomboyを起動時に動作するように登録することで期待されている動作にはなると思います。

お返事ありがとうございます。

knxg9001さん

Dockのプラグインは全く関係無いと思っていました。が、無効にしたら表示されなくなりました。でもドックからアクセスしたいのでちょっといろいろ試して、有効にしつつ表示させない様に出来ないかやってみます。

STGSAGWANさん

こんなのもあるんですね。見てみたら右側は表示しきれていませんでしたが、辛うじてgnome-sessionという所の下にあったのがわかりました。相変わらず自動起動の中には無いのですが、なんとか止め方を探して止めてみて、それからdockの方もいろいろ見てみようと思います。

どちらにせよ、結構忘れやすい自分にとって重宝する物なので使いたいと思います。また何かわかったらここに書きますね。ありがとうございました！

こんな調べ方があったんですね‥

出て来た結果を見る限り、セッションの状態として保存されていた様です。どう取り除いていいのかわからず、とりあえずファイルブラウザでたどっていき直接削除した所、自動起動されなくなりました。そこでdockの方のtomboyを有効にした所、希望通りの動作になりました。dockとgnome-sessionの両方で実行していた結果だったんでしょうかね？すっきりしました。ありがとうございました！

K@さん、的を得てない発言ですみませんでした。STGSAGWANさん、的確なアドバイス頂きありがとうございました。

# Tomboyを２重起動すると（オプションなしでも）検索のウインドウが表示されるようです。