開発環境なのかは微妙ですが一応情報を書き込みます。簡単に直るので書くまでもないかもしれませんが。

Ubuntu edgyのrepoにあるipython(0.7.2-3.1), python-scipy(0.5.1-3ubuntu2), matplotlib(0.87.5-2ubuntu1)を使って

> ipython -pylab -p scipy

を使うと複数エラーが出ます。まず

> WARNING: Failure executing code: 'scipy.alter_numeric()'

これは-p scipyで読み込まれる~/.ipython/ipythonrc-scipyでalter_numeric()を呼び出している場所をコメントアウトすれば消えます（もう存在しない関数のようです）。

> gtk.threads_init is deprecated, use gtk.gdk.threads_init instead
> gtk.threads_enter is deprecated, use gtk.gdk.threads_enter instead
> gtk.threads_leave is deprecated, use gtk.gdk.threads_leave instead

というのもipythonのshell.pyの該当箇所をいわれたとおりに書き直せば消えます。

Launchpadは使われていませんがgmane.comp.python.ipython.userには上がっています。

http://article.gmane.org/gmane.comp.python.ipython.user/1422/
http://article.gmane.org/gmane.comp.python.ipython.user/2194/