「時間がかかる」ということなのでext3かと思いますが、そうであれば
「sudo tune2fs -i 0 -c 0 /dev/disk/by-id/(目的のdisk)」でどうぞ。

ext4の場合は我慢した方が安全です。
ext3の場合も本当は我慢して待った方がいいのですが、1TBあると平気で一時間ぐらいかかると思いますので、たまに手動でfsckしてあげる、こまめにバックアップを取る、といった形で対応するのが現実的だと思います。

syosinnsya による投稿:

/dev/sdb1にubuntuを入れているのですが、その場合は

ということでしたら、

sudo tune2fs -i 0 -c 0 /dev/sdb1

となります。

9.10からext4が使えるみたいですが、ファイルサイズが大きいものが破損するというバグがあると聞いて使うのを止めました。
まぁext3とext4の違いすらわかりませんが。

えーと、一応その問題は原因が確認されて、直ったはず（少なくともLinusのツリーでは直ったはず）です。Ubuntuで直ったかどうかはきちんと覚えてません……。