wubiと言う方式のインストールでは無いですよね？
Cドライブにubuntuフォルダが無ければ通常インストールです。
wubiの場合は以下では起動しません。

ライブCDのカーネルバージョンと起動しないUbuntuのカーネルバージョンが合えば（/bootにあるどれか）、以下の方法で起動できます。（ライブCD側は　$ uname -r  で表示されます）
https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/Others/RepairMbrWithGrub

HDDのUbuntuが起動したら、まず試すことはお約束の
$ sudo apt-get update

システム自身に起動ファイルを更新させる。
$ sudo update-grub

ダメな場合はGRUBを再インストールする事で異常の修復を試みますが、その前に情報の確認が必要です。
$ df -h
の結果

$ grub-install -v
の結果

※規約違反により追放されたユーザの投稿は、ログインユーザにのみ表示されます。

そうですね、私も次はkiyopさんの＃４ですね。
ライブCDで起動すると言うことはHDDのブートシステムは大丈夫。

grubがブートファイルを探せない原因はUUID（パーティションのID）が違っている可能性が有ります。
その原因は置いといて、ライブCDで使用した方法でパーティションを指定します。
$ sudo gedit /boot/grub/menu.lst

以下を追加します。（#4と重複しますが）

title        Ubuntu 9.04, kernel 2.6.28-17-generic
root (0,4)
kernel        /boot/vmlinuz-2.6.28-17-generic root=/dev/sda5 ro quiet splash
initrd        /boot/initrd.img-2.6.28-17-generic
quiet

・title行はメニューに表示されるもので分かりやすい任意の文字を
・カーネル関係のバージョンは実在するものを。変更する場合はinitrd.imgのバージョンも合わす。
・kernel行のroot=UUID='文字列'を　root=/dev/sda5 に
・quiet splashはオプションで起動時の画像の表示です、うまく起動しない場合は外すと良い場合も有りますが、、、

さて、これで
・GRUBは再インストールしてメニューその他も更新させたが起動しない
・ライブCDからデバイスファイル名を指定すると起動する
・HDDのブートシステムは異常が無い
・GRUBのUUIDの指定をデバイスファイル名に変更してみる　←今ここ

起動した　　→　　システムの認識しているUUIDを確認、修正。

起動しない　→　　MBR  のクリアを含めてシステムのGRUBにかんするファイル全てを削除。新規GRUBパッケージを導入してからMBRに再度インストール＆今まで行った全てを試す。

でダメならバンザイです。（稀なケースではなくデバイスファイル名の指定で解決するとは思いますが）

hir0 さん、ごめんなさい、カブりました〜

あー、petitbootangさん私も。orz

hir0さま、kiyopさま、petitbootangさま、みなさま

このたびはありがとうございました。あとからご覧になった方の参考になる自信はありませんが、以下に報告します。

みなさまに数多くのお返事を寄せていただいたおかげで、非常に勉強になりました。改めてお礼を申し上げます。本当にありがとうございました。


■#3の続き

#2→#3より、

hir0さま#6 による投稿:

・GRUBは再インストールしてメニューその他も更新させたが起動しない
・ライブCDからデバイスファイル名を指定すると起動する
・HDDのブートシステムは異常が無い

ということで、

kiyopさま#4 による投稿:

LiveCDで起動して、内蔵HDDの/dev/sda5をマウントして、その中の
/boot/grub/menu.lst
の最後に

title ubuntu on /dev/sda5
root (hd0,4)
kernel /vmlinuz root=/dev/sda5 ro
initrd /initrd.img

…を追記

を試したところ、見事に（ライブCDなしで）起動しました。

次に、

kiyopさま#5／hir0さま#6／petitbootangさま#7 による投稿:

$ sudo blkid

で確認したところ、

/dev/sda1: UUID="1EA0EC9CA0EC7BA1" TYPE="ntfs"
/dev/sda5: UUID="69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1" TYPE="ext3"
/dev/sda6: TYPE="swap" UUID="f8745823-b357-4f61-baef-14ec3a975676"

となっていて、/dev/sda5のUUIDが「5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80」から「69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1」に変更されている（破損している？）ようでした。さらに、

kiyopさま#4 による投稿:

/dev/sda5のUUIDが
5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80
で間違いないのなら、

title ubuntu on /dev/sda5
uuid 5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80
kernel /vmlinuz root=UUID=5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80 ro
initrd /initrd.img

の方が良いかも。

hir0さま#6 による投稿:

GRUBのUUIDの指定をデバイスファイル名に変更してみる …
起動した　　→　　システムの認識しているUUIDを確認、修正。

とのことですので、

hir0さま#6 による投稿:

$ sudo gedit /boot/grub/menu.lst

により、

▼「ubuntu on /dev/sda5」の各項目を以下のように修正（titleやkernelやinitrdも、もともとの「2.6.28-11」や「2.6.28-17」に揃えました）。

title　Ubuntu 9.04, kernel 2.6.28-18-generic
uuid　69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1
kernel　/boot/vmlinuz-2.6.28-18-generic root=UUID=69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1 ro quiet splash
initrd　/boot/initrd.img-2.6.28-18-generic
quiet

▼「2.6.28-11」や「2.6.28-17」や「memtest86+」のUUIDを「5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80」から「69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1」へ置換。

としました。現在のところ、上記で問題は生じていません。


■原因

原因については、

kiyopさま#5 による投稿:

まさか元々grub(legacy 0.97）の状態で、grub-pc(grub2)をインストールしたりしていませんよね？

とのご指摘をいただきましたが、「Synaptic パッケージ・マネージャ」の「クイック検索」で「grub」を検索したところ、「grub-pc」や「grub2」はインストールされていないようでした。

また、「Synaptic パッケージ・マネージャ」の「ファイル(F)」→「履歴(H)」によると、トラブル直前のアップデートは、

Commit Log for Sat Feb 13 15:24:15 2010

次のパッケージがアップグレードされます:
libmysqlclient15off (5.1.30really5.0.75-0ubuntu10.2) to 5.1.30really5.0.75-0ubuntu10.3
linux-generic (2.6.28.17.22) to 2.6.28.18.23
linux-headers-generic (2.6.28.17.22) to 2.6.28.18.23
linux-image-generic (2.6.28.17.22) to 2.6.28.18.23
linux-libc-dev (2.6.28-17.58) to 2.6.28-18.59
linux-restricted-modules-common (2.6.28-17.22) to 2.6.28-18.23
linux-restricted-modules-generic (2.6.28.17.22) to 2.6.28.18.23
mysql-common (5.1.30really5.0.75-0ubuntu10.2) to 5.1.30really5.0.75-0ubuntu10.3

次のパッケージをインストールします:
linux-headers-2.6.28-18 (2.6.28-18.59)
linux-headers-2.6.28-18-generic (2.6.28-18.59)
linux-image-2.6.28-18-generic (2.6.28-18.59)
linux-restricted-modules-2.6.28-18-generic (2.6.28-18.23)

とのことでした。これがカーネルのアップデート（2.6.28-17→2.6.28-18）ということであれば、このアップデートが直接の原因だったのかもしれません。

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標記の件ではみなさまからご助力をいただき、本当にありがとうございました。さらにいくつかご指摘をいただいていましたが、久しぶりに時間ができましたので、少し報告します。

kiyopさま#16 による投稿:

/boot/grub/menu.lst
に
# kopt=root=UUID=・・・
みたいなのがあったら、# kopt=root=/dev/sda5 ro
とか
# kopt=root=UUID=ただしいUUID値 ro
に変えておくと良いかも。

当該パソコンの/boot/grub/menu.lstには

## default kernel options
## default kernel options for automagic boot options
## If you want special options for specific kernels use kopt_x_y_z
## where x.y.z is kernel version. Minor versions can be omitted.
## e.g. kopt=root=/dev/hda1 ro
##      kopt_2_6_8=root=/dev/hdc1 ro
##      kopt_2_6_8_2_686=root=/dev/hdc2 ro
# kopt=root=UUID=69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1 ro

の記述があり、UUID値は正しいみたいです。

kiyopさま#18 による投稿:

/boot/grub/menu.lst
の
# groot=
に続けてUUIDらしき文字列が並んでいたら、
# groot=(hd0,4)
とかにした方が良いかも。

当該パソコンの/boot/grub/menu.lstには

## default grub root device
## e.g. groot=(hd0,0)
# groot=69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1

の記述がありました。今のところ支障がないので、とりあえずこのまま放っておくことにします。

なお、過去のmenu.lstのバックアップを見てみると以下のようになっていました。

■Ubuntu 9.04とWinXPのデュアルブートを構築した時点
▼各カーネルバージョンの「kernel」の行　→　5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80
▼「# kopt=root=UUID=…」の行　→　5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80
▼「# groot=」の行　→　5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80

■「Error 15: File not found」のエラーにより起動不可になってしまった時点（今回の質問を投稿した時点）
▼各カーネルバージョンの「kernel」の行　→　5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80
▼「# kopt=root=UUID=…」の行　→　5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80
▼「# groot=」の行　→　5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80

■みなさまのご助言によって起動できるようになった時点
▼各カーネルバージョンの「kernel」の行　→　69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1
▼「# kopt=root=UUID=…」の行　→　69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1
▼「# groot=」の行　→　69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1

「# kopt=root=UUID=…」と「# groot=」の行は、

質問者＝pekopeko-goo#12 による投稿:

▼「2.6.28-11」や「2.6.28-17」や「memtest86+」のUUIDを「5b489241-2694-4251-920b-3f5820d5be80」から「69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1」へ置換。

のときに、一緒に置換してしまったかも。

kiyopさま#17 による投稿:

/etc/fstabのUUID値

当該パソコンの/etc/fstabは以下のようになっていました（全文）。

# /etc/fstab: static file system information.
#
# Use 'vol_id --uuid' to print the universally unique identifier for a
# device; this may be used with UUID= as a more robust way to name devices
# that works even if disks are added and removed. See fstab(5).
#
# <file system> <mount point>   <type>  <options>       <dump>  <pass>
proc            /proc           proc    defaults        0       0
# / was on /dev/sda5 during installation
UUID=69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1 /               ext3    relatime,errors=remount-ro 0       1
# swap was on /dev/sda6 during installation
UUID=f8745823-b357-4f61-baef-14ec3a975676 none            swap    sw              0       0
/dev/scd0       /media/cdrom0   udf,iso9660 user,noauto,exec,utf8 0       0
/dev/fd0        /media/floppy0  auto    rw,user,noauto,exec,utf8 0       0

前者はルートディレクトリがあるパーティションのUUID値を示しているんでしょうか？　だとすれば正しいんだと思います。
後者はスワップパーティションのUUID値なんでしょうか？　とりあえず、

質問者＝pekopeko-goo#12 による投稿:

kiyopさま#5／hir0さま#6／petitbootangさま#7 による投稿:

$ sudo blkid

で確認したところ、

/dev/sda1: UUID="1EA0EC9CA0EC7BA1" TYPE="ntfs"
/dev/sda5: UUID="69d474a9-597a-48b6-bc4c-7df2d43f5ce1" TYPE="ext3"
/dev/sda6: TYPE="swap" UUID="f8745823-b357-4f61-baef-14ec3a975676"

と合致しています。

kiyopさま#17 による投稿:

スワップのRESUMEのUUID値

確認方法がわからなかったのですが、http://www.google.co.jp/search?q=swap+resume+uuidを参考に、当該パソコンの/etc/initramfs-tools/conf.d/resumeを確認したところ、

RESUME=UUID=f8745823-b357-4f61-baef-14ec3a975676

となっていて、これも/dev/sda6のUUID値と合致しています。
いずれにしても、

kiyopさま#17 による投稿:

起動したのですから、/etc/fstabは大丈夫でしょうね。

とのことですので、あんまり気にしないことにします。

再び質問者です。

hir0さま#15 による投稿:

もう一度
$ sudo update-grub
で再発しなければ良いですが、

とのご指摘もいただいているので試している最中ですが、「端末」で当該コマンドを実行したところ、以下のようなGUI（っぽい）メニュー画面が出ています。

A new version of /boot/grub/menu.lst is available, but the version installed currently has been locally modified.

What would you like to do about menu.lst?

　　パッケージメンテナのバージョンをインストール
　　現在インストールされているローカルバージョンを保持　←引用注：これが既定の選択肢
　　バージョン間の差異を表示
　　バージョン間の差異を並行表示
　　利用可能なバージョン間の3種類の差異を表示
　　利用可能なバージョン間での3種類マージを行う（実験的）
　　状況を検討するための新しいシェルを起動

　　　　　　<了解>

これについて、hir0さまのご指摘の件を確認するには、どれを選択するべきでしょうか？
無責任、かつ、しょうもない質問ですみません。気が向いたらよろしくお願いします。

kiyopさま

しょうもない質問にまでお付き合いいただいて、本当ありがとうございます。

ご助言に従って、既定の「現在インストールされているローカルバージョンを保持」を選択して再起動したところ、無事にUbuntuが起動しました。また、ほかの選択肢を試してみようと、再起動後にもう1度「$ sudo update-grub」を実行したのですが、なぜか先ほどのGUIメニュー画面が表示されることなく完了してしまいました。

また、/boot/grub/menu.lstについては、更新日時が「$ sudo update-grub」の実行日時となっていますが、内容は特に変更なさそうです。

コレでhir0さまがご指摘の件（#15）が確認できたのかよくわかりませんが、ひとまず報告します。みなさま、本当にありがとうございました。