わたしも同様の設定を設定をしているので紹介させていただきます。拙者の環境では xrandr とターミナルで打って得られた情報を整理すると、

一番目のディスプレイ
モデル: MITSUBISHI RDT1765 (17-inch) 外付け
アウトプット名: VGA
最大解像度: 1280x1024

二番目のディスプレイ
モデル: Eee PC 1000H LCD panel (10-inch)
アウトプット名: LVDS
最大解像度: 1024x600

となります。

このサイズの違う二つのディスプレイを使い、

「大きい方のディスプレイサイズに合わせて単純に同一の画面を表示する」には
xrandr --fb 1280x1024 --output VGA --mode 1280x1024 --output LVDS --mode 1024x600

「大きい方のディスプレイサイズに合わせるが、小さい方のディスプレイをパニングで全範囲カバーできるようにする」には
xrandr --fb 1280x1024 --output VGA --mode 1280x1024 --output LVDS --mode 1024x600 --panning 1280x1024

のような設定でうまくいっています。参考になれば幸いです。