Shogun による投稿:

『本家』のページでは、
http://www.ubuntu.com/GetUbuntu/download
「Download location」を選択しないと実際のダウンロードが開始しないわけでして、
そこで私は「Japan」を選択しておいたので特に問題も無いだろうと思っていましたが、
それと「日本語RemixCD」なるものとは別物ということですか？

別物です。
本家のものに日本チームのパッケージを追加する事により、本家を日本語Remixと同等にする事が出来ます。

　が、そのような面倒くさい事をせず、最初から日本語RemixCDをダウンロードし、インストールする事をお勧め致します。特に初心者の方は。

インストール時の時刻設定について私も気になっていたところもあるので、
インストーラ内部を眺めていたところ、

インストール作業の最後で、インストール中のPCに他のOSが導入されていないかチェックして、

・MS-DOS、Windows、FreeDOS、Solarisなど他のOSが見つかったらBIOS時計はローカルタイム
・そうでなければBIOS時計にUTCを使う

ように設定してインストールを終える。

という挙動をしていることがわかりました。

# ubiquity パッケージ
# /usr/lib/ubiquity/clock-setup/finish-install

Shogun さんの場合、

Shogun による投稿:

①HDD(WindowsXP SP3)をHDD(Ubuntu9.10)に交換の上、PC起動。

と、HDDを取り替えながらの使用と思われるため、

・インストール時にインストーラが「このPCはUbuntuのみだ」と判断し、UTCを扱うようにインストールされたUbuntu
・ローカルタイムを扱うWindows

を交互に使うと問題が起こる、という事が根本的な原因のようです。
インストーラのアプリ(ubiquity)は本家CDでも日本語リミックス版でも同一だったと思いますので、どちらを使っても起こる問題と思います。