apt-get source パッケージ名

で取得出来ます。
事前にディレクトリを作成しておくといいでしょう。

以前の書き込みが参考になればと思います。
Rhythmboxのプラグインを改造する例です。
ビルド方法やパッケージング方法も書いておきました。

https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=6866

改造したパッケージをインストールすると、アップデート対象となり、アップデートすると元に戻ってしまいます。
パッケージ名を変えるなどして対処して下さい。

名前を変更する場合は依存関係を考慮した方が良いと思います。
分身が本体を蹴って、本体に依存しているパッケージも両方受け入れるようにリビルドしないと、ファイルの上書きをしてされてで、求めていた結果と違ってしまったり、整合性が無くなってしまうこともあるのではないかと思います。（ていうか、明示なしに上書きってできましたっけ。[経験無し]）

名前を変更する以外では「dch -i」でバージョンを変更する方法でしょうか。
微妙にバージョン番号を上げて（「*-*ubuntu*」であれば「*-*ubuntu*.1」みたいな）、本家の（セキュリティ）アップデートがあったら置き換えされるようにしておけば、変更に気付けますのでメンテもし易いですし、メンテを怠る程度のものなら初めからリビルドは不要だったということもわかったりします。
（弄り度合いによっては使えない方法ですが）

まぁ、ケースバイケースといったところですか。

vbkさん、Templerさん、ありがとうございます