＊一つ追記です。

・クリックは上下のパネル以外の開いている表示されている画面のみ全体のどこをクリックしてもカクカクと動きます。他の開いている例えばRhythmboxやブラウザは大丈夫です。それらが同じよう症状にならなければですが・・・

よろしくお願いします。

何となくで申し訳ないのですが、視覚効果（Compiz）の影響のような気がします。
とりあえず、「システム」メニューにある「外観の設定」から視覚効果を無効にしてみてください。これで切り分けが出きると思います。

視覚効果の無効化で改善され、得にその効果に拘りがないのでしたら、そのまま無効のままで良いと思います。
拘るという場合は、ビデオチップがATIの場合はドライバを変更してみるとか、それ以外では「compizconfig-settings-manager」をインストールして細かく設定してみてください。
ただ、Compizの設定を弄ると画面が真っ暗になって何もできなくなってしまうこともあるようですので注意が必要です。

状況を読み返してみると、これまた何となくで申し訳ないのですが、ウィンドウ枠が関係しているんではないかという感じがします。
「compizconfig-settings-manager」をインストールし、同アプリで「ウィンドウのスナップ」や「ウィンドウの配置」などの有効・無効を切り替えてみてください。
ただのバグという可能性もありますので、細かな設定はしない方が良いかもしれません。10.04LTSのリリースも近いですし。（#4と言っていることが違い、すみません）