>1.デバイスの安全な取り外し
マウントされたリムーバブル・メディアは、デスクトップ上に、アイコンが出ているはずですので、
目的のデバイス・アイコンを右クリックし、出てきたメニューから「アンマウント」します。
最近のデスクトップだと「デバイスの安全な取り外し」もあるようです。

もし、取り付けたのに、アイコンが出ていない場合は、パネルメニューの「場所」をクリックすれば、取り付けたメディアらしきものがメニューに現れているはずです。
（ファイルシステム 4 GB の様に出る、出なければ、何かが壊れている）
それをクリックすれば、認証ウィンドウが現れ、管理者（インストール時に作ったユーザ）パスワードを入れれば、マウントされるはずです。

＞他のアプリケーション（.exe）も使用したいです
MS-Winとは、実行ファイルの形式が異なりますので、直接は実行できません。
ただ、「wine」をインストールし、その助けを借りて、動作させることができるアプリもあるようです。