runa による投稿:

Remastersys 2.0.13をインストールしようと、
sudo gedit /etc/apt/sources.list
と入力し、出てきたエディタに
deb http://www.geekconnection.org/remastersys/repository karmic/
と入力して保存終了。

Ubuntuリポジトリが見つけられない状況になっています。
sources.list を開いたときに、元々書いてあった内容(Ubuntuリポジトリ)を消してしまっていませんでしょうか。

「ソフトウェア・ソース」の「Ubuntuのソフトウェア」の
main universe restricted multiverse それぞれにチェックが入っているか確認して下さい。

なお、/etc/apt/sources.list ファイルは 「ソフトウェア・ソース」 等が取り扱うため、
Ubuntu(やDebian)では /etc/apt/sources.list.d/ ディレクトリ内に <わかりやすい好みの英語の名前>.list を作る方法が良いようです。

例えば
sudo gedit /etc/apt/sources.list.d/remastersys.list

として、
deb http://www.geekconnection.org/remastersys/repository karmic/
を1行書いて保存、という形です。

「外部メディアに直接保存」がどのような事を指しているかによるのですが、
Remastersys は /etc/remastersys.conf ファイルの WORKDIR で設定された場所以下に作業中のファイルと完成したISOファイルを出力します。
初期状態では

WORKDIR="/home/remastersys"

と指定されているので /home/remastersys/以下にファイルが展開されますが、ここへ任意の場所へのパスを記入すればその場所で
Remastersys の作業が行われます。

ただし、Remastersysの動作にはUnixパーミッションを保持できるファイルシステムが必要なので、
NTFSやFAT32でフォーマットされた外付けHDDは作業場所にすることは出来ません。
(ext4などでフォーマットされたディスクなら可)

「外部メディアに直接保存」が「ディスクを焼くところまで自動的にやる」という意味でしたら Remastersys 単独にはその機能は備わっていません。
sudo remastersys backup && ＜ここで出力されたISOを焼くコマンド＞
などのように端末で Remastersys のコマンド実行とISOを焼くコマンドを続けるのも手かと思います。