追記です。
どうやら、上記の（２）を引き起こすメインメニューのアイテムは、Ｗｉｎｅでインストールされている関連のメニューのみのようです。
と言っても、実行ファイルのみでなく、「〜の説明」みたいな、おそらくWineでインストールされた時にWindowsメニューに登録されるかわりに
GNOMEメニューに登録されたものが全て該当するようです(Wineのユーティリティ、uninstallerでは残ってないものも登録されているので
Wineで消したときに、GNOMEに消したことを知らせずに居たのかも)。
いずれにしても、手で消すしか手段はなさそうなのですが・・・。引き続き情報をお待ちしています。

anoirさん、レスありがとうございます。
ご教示いただいたファイルを見たのですが、xmlファイルで正直よくわかりませんでした。
GNOME 2.14 Desktop System Administration Guideの方も見てみます。とりあえず、「その他」自体を表示しないようにすることは
出来たので、しばらくはこれでやっていきたいと思います。

割り込み失礼します。
私も同じような問題で悩んでおります。
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私の場合は，「システム」→「設定」→「メインメニュー」画面から，「システム」→「設定」で表示されるアイテムを右クリックで「削除」としてメニュー表示から削除しました。

後ほど，同様のアイテムを再度表示したいと思い，同様の画面から「新しいアイテムの追加」として必要な項目を登録しているのですが，必ずそこで登録したアイテムと同じものがが「アプリケーション」→「その他」にも登録されてしまいます。
この時，登録したアイテムが「~/.local/share/applications/」以下にも作成されているようです。

削除したアイテムは，「タッチパッド」で，上記の操作によってメニューには表示されておりませんが，「/usr/share/applications/」にはランチャが存在しております。

ヘルプ等を参考に「.menu」ファイル等を眺めてみたりしたのですが，復旧の方法が分かりません。

希望としては元のとおりのメニューに戻したいのです。ご教授いただけると助かります。